Was bedeutet die Notation "d(...)2" beim Schreiben einer DNA-Sequenz?

Wenn die Sequenz eines DNA-Oligos als geschrieben wird, d(CGCTAGCG)2was bedeutet das d(...)2? Warum sollte es nicht einfach als geschrieben werden CGCTAGCG?

Ich erkenne, dass diese Sequenz das Komplement von sich selbst ist. Ist es das, was diese Notation anzeigt?

Antworten (2)

Angenommen, Sie beziehen sich auf diese spezifische Verwendung von d(CGCTAGCG)2, zeigt das für die Kristallstruktur bereitgestellte Bild deutlich, dass sich die Struktur auf die Tatsache bezieht, dass zwei Stränge von d -Eoxy-Ribonukleotid-Oligos miteinander dimerisiert wurden.

Wäre die gleiche Struktur stattdessen durch doppelsträngige RNA gebildet worden, würde die resultierende dsRNA-Duplexhelix als bezeichnet werdenr(CGCTAGCG)2

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Wenn ich verstehe, dbezieht sich das auf DNA und das 2auf Doppelstrang, richtig? Wenn ich mich auf dreisträngige DNA beziehen möchte, würde ich dann d(...)3usw. verwenden? (Die von mir gepostete Sequenz stammt eigentlich aus einer Untersuchung der mittleren 8 bp der PDB-ID: 1DCV , aber die Struktur sollte der PDB-ID: 1G7Z ziemlich ähnlich sein und die Antwort nicht beeinflussen.)
@ stvn66 Wenn es 3 unabhängige Moleküle wären, die über Wasserstoffbrücken miteinander verbunden sind, sicher.
Können Sie auf irgendeine Art von Referenz verweisen, die Ihre Beschreibung der Notation bestätigt? Dies würde es mir ermöglichen, dies sicherer als die akzeptierte Antwort zu markieren.
@ stvn66 Ich nehme an, es liegt an der chemischen Standardnomenklatur für dimerisierte Moleküle, und ich glaube nicht, dass es eine Quelle geben wird, die dies speziell für DNA sagt.
Wenn sie dieses Papier lesen , beziehen sie sich auf „d(A)10-d(T)10“. Dies scheint auf die DNA-Sequenz „AAAAAAAAAA“ und ihr Komplement hinzuweisen. Daher glaube ich nicht, dass sich die '2' darauf bezieht, dass es doppelsträngig ist, sondern dass das Molekül 2 Kopien dieser DNA-Sequenz hat, da es das Komplement von sich selbst ist.

Im Gespräch mit dem Autor dieser Veröffentlichung bezeichneten sie d(...)gewöhnlich eine doppelsträngige Sequenz und d(...)2eine selbstkomplementäre doppelsträngige Sequenz.

Diese Veröffentlichung verwendet stattdessen die tiefgestellte Zahl nach der Klammer, um die Anzahl der Wiederholungen in der Sequenz anzugeben, z. B. d(AT)10wurde verwendet, um die dsDNA-Sequenz darzustellen ATATATATATATATATATAT.

Was bedeutet die Notation "d(...)2" beim Schreiben einer DNA-Sequenz?
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