Die anfängliche Frage war, zu verstehen, was sich in einem eukaryotischen Organismus hinter einem Gen befindet. Ich verstehe, dass sich diese Region 3' eines Gens befindet, und daher würde ich erwarten, nicht codierende Regionen zu finden, aber gibt es einen Unterschied zwischen nicht codierenden Regionen und einer intergenischen Region?
Ein kleiner Hintergrund zu dem, was ich tue: Ich studiere die Wirkung von Retrotransposons in S. cerevisiae-Populationen, und ich habe bereits die potenziellen Auswirkungen dieser Retrotransposons identifiziert, und dies waren die Folgen:
Upstream gene variant 49
Downstream gene variant 42
Intergenic variant 4
Transcript ablation 3
Coding sequence variant 1
Feature elongation 1
3' UTR variant 1
Ist es also schlau zu sagen, dass es hinter einem Gen nicht kodierende Gene gibt?
„Intergenic“ ist, nun ja, peinlich, obwohl es schwer zu vermeiden ist. Intergenisch bedeutet wörtlich zwischen den Genen . Gene sind, wie zu erwarten, genetisch definiert als Regionen des Chromosoms mit einer genetischen Rolle. Zwischen den Genen haben wir, nun ja, Junk, Spam, ohne Bedeutung oder Bedeutung, da es sonst ein Gen wäre. In den 1990er Jahren wusste jeder, dass der größte Teil des Genoms „Junk-DNA“ war, und es war ziemlich einfach. Und das zentrale Dogma war, DNA macht mRNA macht Protein, und wenn es kein mRNA machendes Protein oder sogar kein langes Protein gab, dann nahmen sie an, dass es kein Gen gab.
Nun, das Problem bei der Verwendung dieser Begriffe heutzutage ist erstens, dass es sehr schwer ist zu zeigen, dass ein bestimmtes Stück DNA nie eine Rolle gespielt hat. Schließlich kann man oft ein ganzes Gen ohne sichtbare Auswirkung auf einen Organismus entfernen, wie kann also schlüssig nachgewiesen werden, dass eine nichtkodierende Sequenz „zwischen Genen“ bedeutungslos und für keinen ihrer Nachbarn relevant ist? Und zweitens spielt DNA definitiv eine Rolle, selbst wenn sie nur nicht-kodierende RNA produziert oder als regulatorische Sequenz fungiert, die dies tut. So können Sie beispielsweise auf OMIM viele Einträge für „intergenic“ nachschlagen , mit Ergebnissen wie H19 , für die ein Begriff „LONG INTERGENIC NOCODING RNA H19“ ist. Beachten Sie auch, dass H19 als das von HGNC genehmigte Gensymbol aufgeführt ist, also ist es ein intergenisches Gen. Heikel, oder? (Ich habe großen Respekt vor OMIM – das ist nicht ihre Schuld) Außerdem können Enhancer ziemlich weit von einem Gen entfernt sein, sogar über das Ende eines anderen Gens hinaus oder mehrere Gene beeinflussen, obwohl eine Mutation im Enhancer genetisch sein könnte als Allel eines spezifischen Gens fungieren, könnte es in Sequenzbegriffen als in einer intergenischen Region lokalisiert beschrieben werden .
Fazit: Die intergenischen Regionen, über die Sie lesen, werden zwischen Dingen liegen, die als Gene erkannt werden, und von denen möglicherweise bekannt ist, dass sie einen Einfluss auf das eine oder andere (oder beides ...) haben oder nicht. Sie enthalten weder CDS, das immer als Gen betrachtet wird, noch 5'UTR oder 3'UTR, da diese vor oder nach einem CDS transkribiert werden. Darüber hinaus, wie sie von "Upstream-Sequenz" und "Downstream-Sequenz" unterschieden werden, das könnte völlig willkürlich sein. Sie könnten zu WormBase gegangen sein und kuratierte Genaufzeichnungen herausgeholt haben und einige Basenpaare vor der Startsite als Promoter hinzugefügt haben - aber das weiß ich nicht. Sie müssen nur versuchen, die jeweilige Referenz für das von Ihnen verwendete Tool zu finden.
Eine intergenische Region ist nur eine von vielen Arten nichtkodierender Sequenzen.
Andere sind:
Neben der proteincodierenden Sequenz gibt es noch eine Menge Dinge, die Teil von Genen sind.
Eine gute Möglichkeit, sich ein Bild von den möglichen Dingen zu machen, die es neben Codierregionen gibt, ist das Durchsuchen der Sequenzontologie . Wenn Sie zur Codierungssequenz navigieren und anfangen, Eltern- und Cousin-Begriffe zu durchsuchen, werden Sie eine große Anzahl finden, einschließlich all der Dinge, die ich oben erwähnt habe, sowie intergenische Region mit Definitionen, die mit dem Ohr verbunden sind.
Roger Wadim
Silvia VC