Ich habe gerade mit meinem Kurs in Genomik begonnen und arbeite mit domestizierten Tieren (Kühe, Hühner, Schweine usw.) und ich würde gerne wissen, welche Methode besser ist, um den Prozess der Domestizierung seit dem Ursprung dieser Arten zu verfolgen. Ich denke darüber nach, SNPs eines bestimmten Gens zu verwenden, um ausgewählte punktuelle Merkmale zu identifizieren, aber mir wurde auch vorgeschlagen, eine vollständige Screen-Analyse durchzuführen und alle in jeder Variante vorhandenen Polymorphismen zu identifizieren und sie mit der Art zu vergleichen, die ihnen ihren Ursprung gab.
Ja, jeder verwendet heute SNPs für solche Analysen. Etwas RADseq ist wahrscheinlich der richtige Weg.
Selektion zu erkennen ist keine leichte Aufgabe, da es viele Techniken gibt, die sich durch ihre Annahmen und Anwendbarkeit unterscheiden. Sie sollten wahrscheinlich versuchen, Papiere zu finden, die die gleiche Art von Analyse mit den gleichen Arten von Daten durchgeführt haben, und schließlich mit den Autoren sprechen. Möglicherweise hat Ihr Labor bereits Erfahrung mit solchen Analysen.
Welcher Test zum Nachweis genomischer Selektionssignaturen? könnte hilfreich sein, aber die vorgeschlagenen Algorithmen dienen hauptsächlich der Analyse von Variationen innerhalb der Arten. Verfahren wie der Mcdonald-Kreitman-Test und andere fortgeschrittenere Methoden zum Nachweis der Selektion über eine Phylogenie (z. B. OUWIE, wenn Sie phänotypische Merkmale haben) könnten von Interesse sein. Sie könnten auch einfach einige Rangtests verwenden, wenn Sie viele unabhängige Domestizierungsereignisse haben. Die genaue Methodik, die Sie am Ende verwenden, hängt sehr stark von Ihren Daten ab (wie viele unabhängige Domestizierungsereignisse haben Sie zum Beispiel, haben Sie phänotypische Merkmale, ...).
Vergleichen Sie sie mit den Arten, die ihnen ihren Ursprung gegeben haben
Haben Sie wirklich eine Probe des Vorfahren? Meistens betrachten die Menschen einfach einen nicht domestizierten Nachkommen des nicht domestizierten gemeinsamen Vorfahren. Machen Sie nicht den Fehler, eine vorhandene Linie so zu betrachten, als wäre sie ein Nachkomme. Diese bestehende Linie hat sich auch weiterentwickelt!