Was ist pQTL und warum brauchen wir eQTL?

eQTLs sind genomische Loci, die zur Variation der Expressionsniveaus von mRNAs beitragen (Wikipedia).

Es gibt Daten, die zeigen, dass in etwa 60 % der Fälle die Menge an mRNA in einer Zelle direkt proportional zu der Menge an Protein ist, die von dieser mRNA kodiert wird. [1]

Das bedeutet, dass wir selbst bei einer hohen mRNA-Menge nicht sicher sein können, dass auch die Proteinmenge hoch ist. Warum brauchen wir immer noch eQTL, wenn wir aus mRNA-Transkripten keine Proteinfülle ableiten können? Letztendlich beeinflusst eher die Menge an Protein die Krankheit als die Menge eines Transkripts.

Setzt ein pQTL die Idee einer Beziehung zwischen einer genetischen Varianz und der Häufigkeit eines Proteins um? Ich verstehe nicht, wie eine genetische Varianz den Proteinspiegel beeinflussen kann. Ich nehme an, es hängt mit einer posttranskriptionellen Modifikation zusammen, aber wie?

Es gibt eine Regulierung auf Proteinebene, dh posttranslationale Modifikation, Autophagie, Proteinstabilität usw. Einfach die Gesamtmenge an Protein zu kennen, sagt Ihnen nicht alles. Die Kenntnis von eQTL hilft dabei, herauszufinden, wie stark die Variation der Proteinmenge auf den Transkriptionsweg zurückzuführen ist

Antworten (1)

Genetische Variationen können den Proteinspiegel beeinflussen; Betrachten Sie eine Variante, die die Menge an transkribierter mRNA reduziert, könnte dies einen tiefgreifenden Einfluss auf die Menge an mRNA haben, die für die Translation in ein Protein zur Verfügung steht.

Betrachten Sie eine andere Variante, die die Häufigkeit der transkribierten mRNA nicht beeinflusst, aber eine der vielen wichtigen Sequenzen verändert, die für die Translation erforderlich sind (Cofaktor-Bindungsstellen, ribosomale Bindungsstellen, Startstelle usw.).

Dies sind nur ein paar Beispiele, die mir zuerst in den Sinn kamen, aber es gibt noch viel mehr. Beispielsweise kann eine Variante die Expression einer bestimmten microRNA erhöhen, die wiederum die Translation eines anderen mRNA-Moleküls hemmt . Ich habe keine Referenzen eingefügt, da dies eher eine logische Übung ist – zweifellos gibt es viele weitere Möglichkeiten, wie eine genetische Variante die Proteinfülle beeinflussen kann.

In Anbetracht Ihrer ersten beiden Beispiele und des Zitats von Researchgate, dass in 60 % der Fälle die Menge an mRNA direkt proportional zu der von dieser mRNA codierten Proteinmenge ist, verstehe ich immer noch nicht, warum eQTLs in diesen beiden Fällen so wichtig sind wie wir können die Menge des Proteins nicht von der Menge des Transkripts ableiten.
Die Mengen an Protein und mRNA sind korreliert, wenn nicht direkt proportional. Ich verstehe, was Sie sagen, dass Änderungen in der mRNA-Menge nicht unbedingt einer Änderung der Proteinhäufigkeit entsprechen, aber es erscheint mir ziemlich logisch, dass, wenn ein SNP entweder die mRNA-Sequenz oder die Menge der mRNA ändert, das SNP könnte die Proteinmenge beeinflussen – dies wird natürlich in jedem Fall unterschiedlich sein, und dokumentierte pQTLs verändern vermutlich das endgültige Protein (entweder in Form oder Menge), andernfalls würden sie nicht als pQTLs gemeldet.
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