Was ist mit "Expression" von nicht-kodierender RNA gemeint?

Bei vielen nicht-kodierenden RNAs ist die RNA der funktionelle Endpunkt. Daher bezieht sich ncRNA-"Expression" einfach auf die Produktion dieser funktionellen Komponente. Ähnlich wie bei Proteinen beinhaltet dies die Betrachtung der unterschiedlichen Gewebeproduktion dieser nichtkodierenden RNA (dh in welchen Geweben die RNA produziert wird).

Die Genexpression ist im Oxford Dictionary of Biology wie folgt definiert:

Die Manifestation der Wirkungen eines Gens durch die Produktion des bestimmten Proteins, Polypeptids oder RNA-Typs , dessen Synthese es kontrolliert.

Mit anderen Worten bedeutet Genexpression dasselbe, ob das funktionelle Produkt ein Protein oder eine nichtkodierende RNA ist. Natürlich gibt es bei der Expression von ncRNA keine translationale Komponente.

Sie fragten nach Veröffentlichungen, die sich mit der lncRNA befassten und untersuchten, ob sie durch Überexpression oder Knockdown funktionsfähig war. Zellen tun in ihrem normalen Zustand etwas Messbares, das durch Mikroskopie, qPCR, Microarray usw. beobachtet werden kann. Sie verwenden die Daten als Kontrolle, mit der Sie experimentelle Ergebnisse vergleichen können.

Für eine Überexpressionsstudie können Sie beispielsweise Ihre Zellen mit einem Vektor transfizieren, der einen Großteil Ihrer ncRNA transkribiert. Ob die Transfektion stabil oder transient sein muss, hängt von einer Reihe anderer Faktoren ab. Wenden Sie also die Methoden, die Sie zum Sammeln von Daten als Kontrolle verwendet haben, auf die transfizierte Gruppe an. Wenn es statistisch signifikante Veränderungen gibt, wenn Sie mehr ncRNA haben, können Sie teilweise sagen, dass Ihre ncRNA funktionsfähig ist. Es tut etwas Beobachtbares.

Beim Knockdown ist das Gegenteil der Fall. Sie können vielleicht CRISPR verwenden, um die Arbeit zu erledigen, aber die lentivirale Transduktion mit beispielsweise einem Doxycyclin-induzierbaren Promotor ist unter anderen Möglichkeiten. Das Ziel ist nun, das Gen oder die Expression des Gens zum Verschwinden zu bringen. Sie machen das gleiche Experiment und sehen, ob ein Fehlen der ncRNA irgendetwas mit der Zelle macht.

In der Datenbank, die Sie gerade betrachten, wird der Ausdruck verwendet, um Ihnen zu zeigen, in welchen Geweben BX118339 nachgewiesen wurde? Es besagt im Grunde, dass BX118339 in Hoden und im fötalen Gehirn exprimiert wird.