Es gibt zwei Arten von Wechselwirkungsklassifikationen, die verwendet werden, um Protein-Protein-Wechselwirkungen zu beschreiben, nämlich physikalische und funktionelle. Während physikalische Wechselwirkungen in ihrer Natur und methodischen Bestimmung offensichtlich sind, habe ich mich gefragt, worauf sich eine funktionelle Wechselwirkung / Verknüpfung bezieht, wie die im folgenden Artikel zitierte, und ob sie ausschließlich aus genomischen Daten abgeleitet wird?
Genomweite funktionelle Verknüpfungen beziehen sich auf Proteine in einem biochemischen oder Signalweg. Rückschlüsse auf funktionelle Wechselwirkungen können aus Methoden wie Koexpressionsdaten aus der Microarray-Analyse gewonnen werden. Da der experimentelle Nachweis von genomweiten Protein-Protein-Wechselwirkungen kostspielig und zeitaufwändig ist, wird ein Rechenspielraum für im Wesentlichen prädiktive genomweite Protein-Protein-Wechselwirkungen geschaffen [1] , worauf sich der obige Artikel bezieht. Wie aus der Zusammenfassung der Veröffentlichung hervorgeht, gibt es viele Möglichkeiten, die Verknüpfungen zu erhalten, die oft durch die Berechnungsmethoden von Rosetta Stone, Phylogenetic Profile, Operon und Conserved Gene Neighbor [2] abgeleitet werden .
Algorithmen, die genomweite Wechselwirkungen zwischen Proteinen identifizieren, konzentrieren sich hauptsächlich auf die Koregulation interagierender Proteine. Diese Methoden gehen davon aus, dass die koregulierten Gene auf den Genomen oft nahe beieinander liegen und eine konservierte Genreihenfolge aufweisen. So könnten die Gene, die Teil eines Operons sind, funktionell verknüpft werden.
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Behzad Rowshanravan
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