In den KGML- Dateien sind die Arten von Beziehungen zwischen Genen oder Proteinen genau Aktivierung, Hemmung, Expression, Repression, indirekte Wirkung, Zustandsänderung, Bindung/Assoziation, Dissoziation, Phosphorylierung, Dephosphorylierung, Glykosylierung, Ubiquitinierung und Methylierung. Ich möchte mehr über diese Wechselwirkungen erfahren. Gibt es eine bestimmte Quelle, aus der ich verstehen würde, was diese Interaktionen im Detail bedeuten?
Die meisten von ihnen sind ziemlich selbsterklärend. KEGG-Wege sind oft vage, da ein Großteil der spezifischen Biologie einiger Proteine noch richtig untersucht werden muss - manchmal weiß man nur, dass zwei Proteine assoziieren, nicht was sie tatsächlich tun.
Die Beziehung zwischen den beiden ist leichter vorherzusagen, wenn Sie die Funktion von einem kennen, z. B. wird ein Protein, das mit einer Kinase interagiert, wahrscheinlich von dieser Kinase phosphoryliert. Viele dieser Beziehungen korrelieren mit posttranslationalen Modifikationen (Glykosylierung, Phosphorylierung, Ubiquitinierung, Acetylierung, Methylierung usw.), die von einem anderen Protein an einem Protein vorgenommen werden. Wikipedia hat tatsächlich einen anständigen Überblick darüber mit vielen Beispielen.
Einige der anderen Beziehungen haben mit der Regulierung der Proteinaktivität oder -expression zu tun . Dies geht ein wenig Hand in Hand mit dem, was ich oben gesagt habe. Einige Proteine werden erst aktiviert, wenn sie phosphoryliert oder demethyliert sind usw. Andere Enzyme können Phosphogruppen entfernen, was zu einer Repression führt. Wieder andere können direkt mit einem Protein interagieren und es daran hindern, sein Substrat oder Ziel zu binden. Vielleicht induziert die Bindung eine Konformationsänderung in einem Protein, die es ihm ermöglicht, sein Substrat zu binden, wenn dies normalerweise nicht möglich ist. Einige Proteine fungieren als Transkriptionsfaktoren, die die Expression bestimmter Gene aktivieren oder unterdrücken und indirekt die Proteinspiegel beeinflussen.
Es gibt alle möglichen Möglichkeiten - die KGML-Dateien versuchen, sie so darzustellen, dass sie zumindest einen Hinweis darauf geben, wie sich die Wechselwirkungen zwischen zwei Proteinen gegenseitig beeinflussen können. Ich hoffe, das gibt einen kleinen Einblick.