Wie erstellt man Proteingrafiken zur Illustration von Artikeln?

Die unten gezeigte Struktur von Insulin taucht in einem Wikipedia-Eintrag auf .

Mit welcher Software wurden (oder können) solche Bilder erstellt?

Struktur des Insulins

Bitte geben Sie einen Verweis auf dieses spezielle Beispiel an. Sie wissen sicherlich, dass die Mitwirkenden von Wikipedia (nicht die Benutzer) völlig unabhängig sind und daher jede Software verwenden, die sie wählen, um molekulare Bilder zu erstellen. Dies ist kaum eine Frage zur Biologie, und wie @Remi.b sagte, können Sie sich über verschiedene molekulare Grafiksoftware informieren. Vielleicht möchten Sie sich auch die PDB-Site ansehen, die zwei Alternativen in ihren Anzeigen verwendet. Aber keines davon sind einfache Programme auf Knopfdruck, sondern erfordern, dass Sie proprietäre Skriptbefehle lernen.
Ich freue mich sehr über deine Kommentare 👍
Es gibt viele. Versuchen Sie zunächst Autodock

Antworten (1)

Alle Kommentare sind großartig, es gibt zahlreiche Softwareprogramme, mit denen Sie solche Bilder erstellen können.

Sammeln von Informationen über die Insulinstruktur

Durch einfaches Anklicken des Bildes in Wikipedia erhalten Sie wertvolle Informationen:

Erstellt von Isaac Yonemoto, erstellt mit en:pymol, en:inkscape und en:gimp aus der NMR-Struktur 1ai0 in en:pdb. Siehe: Chang, X., Jorgensen, AM, Bardrum, P., Led, JJ

Die Entwickler verwendeten also pymol , inkscape und gimp , aber lassen Sie uns ein bisschen tiefer graben. Leider hat Isaac Yonemoto, der Herausgeber dieses Wikis, keinen direkten Link zur Originalveröffentlichung bereitgestellt (siehe Verlauf der Wiki-Datei ). Durch die Suche nach den Autorennamen in Kombination mit insulinfinden wir jedoch schnell den Artikel: Lösungsstrukturen des R6-Humaninsulin-Hexamers . Im ersten Absatz sehen wir:

Die Atomkoordinaten der 20 verfeinerten Hexamerstrukturen und der NMR-abgeleiteten Restriktionen wurden in der Brookhaven Data Bank hinterlegt (PDB-ID-Codes 1AIY und 1AI0 für das symmetrische bzw. das nichtsymmetrische Hexamer).

Sie können die in diesem Wiki-Artikel dargestellte Struktur finden, indem Sie die PDB-ID durchsuchen .

Erstellung vs. Visualisierung
Sie können „Erstellen“ in Ihrer Frage hier auf zwei Arten interpretieren:

  • Diese ganze Struktur aus dem Nichts erschaffen
  • Visualisierung einer Struktur, die jemand anderes bestimmt hat

Wenn Sie sich auf Ersteres beziehen, sollten Sie sich den Artikel ansehen, der dieser Struktur entspricht. Beachten Sie, dass dies ziemlich detailliert ist und Kenntnisse über mehrere Konzepte erfordert, wie z. B. Molekulardynamik und NMR-Spektroskopie. Wenn Sie sich auf letzteres beziehen, sollten Sie sich die zuvor erwähnten Programme wie pymol , inkscape und gimp ansehen

Nicht verallgemeinerbar
Dies läuft darauf hinaus, was @David bereits in seinem Kommentar gesagt hat:

Sie wissen sicherlich, dass die Mitwirkenden von Wikipedia (nicht die Benutzer) völlig unabhängig sind und daher jede Software verwenden, die sie wählen, um molekulare Bilder zu erstellen.

Nur um hinzuzufügen, der Autor dieses spezifischen Bildes hat die PDB-ID zitiert, mit der Sie die Struktur, das Papier usw. in RCSB finden können.
Wie erstellt man Proteingrafiken zur Illustration von Artikeln?
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