Wie kann ich ein Protein-Interaktions-/Proteinkomplex-Netzwerk erstellen?

Nehmen wir an, ich habe eine Liste mit Protein-IDs. Ich würde gerne wissen, ob ich auf der Grundlage dieser Liste einen Komplex finden kann. Jedes Beispiel, Erklärung wird geschätzt.

Eine Beispieleingabe sehen Sie unten. Was kann ich mit der folgenden Liste von Protein-IDs machen? Diese IDs stammen von Menschen.

P41182,P56524, P41182,Q9UQL6, P41182,Q8WUI4,Q92793,Q09472,Q9Y6Q9,Q92831
Können Sie erklären, was Sie mit "komplex" meinen? Möchten Sie wissen, ob sie Teil einer oligomeren Quartärstruktur sind oder wie sie mit anderen Proteinen interagieren?
@James, wenn sie Teil einer oligomeren Quartärstruktur sind
Diese Frage ist keine Hausaufgabe. Es ist keine triviale, leicht zu googelnde Aufgabe. Ich kaufe das "zu breite" Argument, aber es scheint ein bisschen naiv, dies für Hausaufgaben zu schließen. Auch wenn es eine Aufgabe ist, ist es schwierig, wenn man nicht weiß, wo man anfangen soll!
Ohne eine paarweise Zuordnung zwischen interagierenden Proteinen können Sie das Netzwerk nicht herstellen. Haben Sie eine Datei, die diese Informationen enthält?
@WYSIWYG Nein, ich habe keine solchen Informationen, weißt du, wie man sie bekommt? Bitte geben Sie eine andere Antwort, wenn Sie einen besseren Weg kennen
@Mol Sie müssen irgendwie wissen, welche Proteine ​​​​mit welchen anderen interagieren. Dies kann experimentell mit Techniken wie Co-IP herausgefunden werden (es kann jedoch auch indirekte Wechselwirkungen zeigen). Welche Techniken oder Vorhersagen Sie auch verwenden, Sie müssten die einzelnen Kanten des Netzwerks kennen, um es tatsächlich aufzubauen. Andernfalls ist es unmöglich.
@WYSIWYG Wenn ich weiß, dass diese Proteine ​​​​aus derselben Probe stammen, kann ich davon ausgehen, dass sie interagieren, oder?
@Mol nein, das kannst du nicht annehmen. In einem Proteinextrakt aus einer eukaryotischen Zelle wären Aktin und Cyclin beide vorhanden, aber sie interagieren nicht.

Antworten (1)

Dies ist keine triviale Aufgabe, je nachdem, wie gut Ihr Netzwerk untersucht ist oder welche Informationen Sie sammeln möchten. Es hört sich so an, als ob ein Interaktionsdatensatz das ist, was Sie wollen, anstatt die PDB nach statischen Strukturen zu durchsuchen (das wäre so ein Hit-and-Miss-Prozess, ich bin mir nicht sicher, ob es sich lohnt, sich die Mühe zu machen).

  1. Laden Sie Ihre Liste der Gencodes in string-db hoch .

    • Sie sehen das Netzwerk hier, und Strukturen werden von bekannten Komplexen in einem erweiterbaren Miniaturbild deutlich gemacht.
    • Es ist ein eingeschränktes Webserver-Tool und obwohl es sehr leistungsfähig ist, ist es nicht sehr flexibel. Cytoscape könnte für eine neuartigere Studie benötigt werden, da es skriptfähig ist.

    Sie können wahrscheinlich hier aufhören und Ihr Netzwerk untersuchen.

  2. Laden Sie die Datei von string-db herunter .txt(TXT - einfache tabulatorgetrennte Flatfile). Ich denke, es ist ein Old-School-Speichersymbol auf dem Webserver, obwohl es beim Hochladen mehrerer Kennungen einfach die Schaltfläche "Speichern" oben links ist.

  3. Laden Sie Cytoscape hier herunter.

  4. Verwenden Sie dann File> Import> Table> From file.
  5. Dadurch wird ein Interaktionsnetzwerk aufgebaut und Sie sehen, welche Gene/Proteine ​​miteinander interagieren.

Fang: Während dies räumliche Informationen liefert, können Sie sich kein Bild von zeitlichen Informationen machen: dh Sie wissen, was interagiert, aber nicht wann und wie lange.

wie bekomme ich die .SIF ? Wie gebe ich alle IDs zusammen? Ich habe versucht, es zu speichern, aber es hat mir keine .SIF gegeben
Haben Sie es geschafft, string-db dazu zu bringen, ein Interaktionsnetzwerk anzuzeigen?
nicht für alle IDs zusammen, aber wenn ich eine ID verwende, funktioniert es
Haben Sie versucht, sie alle auf einmal unter der Registerkarte "Mehrere Kennungen " hochzuladen ?
Beide txt-Dateien sind gleich? Können Sie mir bitte auch einen Hinweis in Bezug auf CytoScape geben? was und wo ich lernen soll, damit ich eine Vorstellung davon bekomme, wie ich das Netzwerk aufbauen und visualisieren kann
@Mol Wenn Cytoscape ein bisschen übertrieben ist, dann bleib einfach bei string-db. Alle Knoten und Verbindungen zeigen interagierende Partner.
Ich weiß, scheint aber flexibler zu sein als String-db. beide txt sind ähnlich ?
@Mol Die tabulatorgetrennte TXT-Datei ist die gewünschte. Cytoscape ist flexibler, da haben Sie Recht. Aber diese Flexibilität hat ihren Preis; eine steile Lernkurve. Es kann sogar eine Möglichkeit geben, innerhalb von Cytoscape abzufragen. Was mir an string-db gefällt, sind die direkten Links zu pdb-Strukturen, was für Sie wahrscheinlich sehr nützlich ist.
Wie kann ich ein Protein-Interaktions-/Proteinkomplex-Netzwerk erstellen?
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