Ich suche nach Tutorials und Software, die mir helfen können, ganze Genomsequenzdaten und genomweite Assoziationen zu untersuchen. Ich habe Matlab und Bioconductor R, also wäre alles, was diese Pakete betrifft, vorzuziehen.
Sie haben sich einen faszinierenden und sehr wichtigen Organismus zum Studium ausgesucht. Leider gibt es viele, viele Schritte mit vielen Softwarepaketen, die Sie benötigen, und jeder nächste Schritt hängt davon ab, was Sie finden, was ein bestimmtes Tutorial nahezu sinnlos macht. Es tut mir leid zu sagen, dass ich nicht glaube, dass jemand einen ganzen Projektvorschlag oder Workflow als Antwort ablegen wird. Ich gebe Ihnen eine Antwort, damit Sie mit Ihrer Recherche beginnen können.
Beispiel
Ein hervorragendes Beispiel für eine solche Studie ist Fellay et al. , 2007 , und Sie können ihre Material - und Methodenergänzung hier finden .
Eine Einführung in diese Art der Forschung
Zuerst müssen Sie die Sequenzen von Proteinen finden, die Sie für signifikant halten. Es gibt eine Reihe von Möglichkeiten, dies zu tun, aber ich schlage vor, sich auf die Schultern von Riesen zu stellen und die Literatur zu durchsuchen (unabhängig davon, finden Sie ein Beispiel, wo dies anderswo gemacht wurde). Wenn es da draußen nicht viel gibt oder wenn Sie eine völlig neue Sichtweise auf etwas haben möchten, kann diese Antwort hilfreich sein, um Proteine in der DNA-Sequenz zu finden.
Sequenzabgleiche mit anderen Stämmen sind die beste Möglichkeit, Mutationen zu identifizieren (und möglicherweise ein Indikator für Resistenz, worauf Sie meiner Meinung nach abzielen). Es gibt eine große Auswahl, aber BLAST ist ein gutes Werkzeug für den Anfang. Sie sollten Ihren resistenten Stamm mit nicht resistenten Stämmen vergleichen. Seien Sie bei der Analyse der Daten sehr vorsichtig, nicht jede Mutation ist signifikant.
James