Wo finde ich Mutationsdatensätze für Krebs?

Mein Labor hat TCGA- Daten (somatische Mutationen und klinische Daten) verwendet , um Panels von Genen und Mutationen zu entwickeln, die wir in bestimmten Krebspopulationen erwarten. Wir möchten unsere Panels validieren, indem wir überprüfen, wie sie sich im Vergleich zu anderen Krebsdatensätzen behaupten.

Ich weiß, dass eine Ressource, die wir nutzen können, das International Cancer Genome Consortium ist , aber ich frage mich, ob Mitglieder dieses Forums ein paar andere Orte vorschlagen können, an denen wir sowohl klinische als auch somatische Mutationsdaten für Kohorten von Krebspatienten erhalten können.

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Das cBioPortal ist eine außerordentlich nützliche zentrale Quelle für Krebsdatensätze. Ab diesem Datum enthält es Daten aus 105 Krebsgenomstudien. Viele davon sind TCGA-Studien, aber die Liste umfasst auch viele andere. Darüber hinaus gehört die menschliche Schnittstelle zu den Daten zu den besten, die ich je gesehen habe.

Das ist ein wirklich nettes Portal, das ich nicht kannte, und ich muss meine Antwort jetzt sicherlich bearbeiten! Aber da die Frage einen Vergleichsdatensatz gegen TGCA benötigt, wozu mehr TGCA-Daten?
@James: Viele der dort aufgeführten Studien sind nicht TCGA. In meinem Bereich Kopf-Hals-Tumoren gibt es 2 (teilweise überlappende) TCGA-Datensätze und 4 weitere Datensätze. Das Gleichgewicht unterscheidet sich zwischen den Krebsarten. Die TCGA-Datensätze sind natürlich typischerweise die größten.

Wie Sie sicher wissen, gibt es keine vollständig zentralisierte Datenbank für Mutationen von Krebsgenen. Die umfassendste Datenbank ist, wie Sie bereits erwähnt haben, die TGCA. Das bedeutet nicht, dass andere Daten nicht da draußen sind.

Eine breite Option, die Ihren Anforderungen entsprechen könnte, ist die Abfrage von OMIM, das von NCBI gehostet wird. Sie können nach " cancer" oder etwas Spezifischerem suchen und dann die Registerkarte dbSNP auswählen, und es wird eine Liste der Genpositionen von Mutationen zurückgegeben, die der Abfrage entsprechen.

Screenshot der OMIM-Abfrage von Krebs.

Für eine spezifischere Suche ermöglicht COSMIC , gehostet von SANGER, Downloads der "Krebsgene" im Fasta-Format, und verschiedene andere Downloads mit anderen Informationen sind verfügbar. Es wird manuell kuratiert, was immer ein Bonus ist, aber das bedeutet, dass es auf nur wenige Gene beschränkt ist. Es gibt auch BIC . Dieses konzentriert sich speziell auf Gene im Zusammenhang mit Brustkrebs und wird von NHGRI gehostet. Auch hier ist für den Download ein Konto erforderlich und er ist auf Gene beschränkt, die Brustkrebs beeinflussen.

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