TCGA-Genexpressionsdaten fehlen übereinstimmend normal

Diese Werte sind nicht bereits auf normale Gewebekontrollen normalisiert. Dass ein Tumor als Tumor mit übereinstimmenden Normalen markiert ist, bedeutet nicht, dass alle von der TCGA verwendeten Plattformen (Expression, CNV, Protein und Methylierung) normales Gewebe zur Verfügung haben - in den meisten Fällen werden Tumore mit übereinstimmenden Normalen so annotiert, weil es sich um eine Mutation handelt wurde unter Verwendung von Tumor-gegen-Normal-Vergleichen durchgeführt.

Wenn Sie nach normalen Gewebekontrollen für Ihren bestimmten Plattformtyp (RPPA in Ihrem Screenshot) suchen, finden Sie diese mit NT oder N gekennzeichnet. Wenn Sie keine mit diesen Beschreibungen gekennzeichneten sehen, bedeutet dies, dass normale Gewebeproben nicht verarbeitet wurden mit dieser Plattform.

Die TCGA führt keine Massenanalysen von normalem Gewebe für etwas anderes als das Mutations-Calling durch, da sich das Projekt auf die Klassifizierung von Tumoren in Untergruppen konzentriert, in erster Linie mit unüberwachten Ansätzen, und daher alle Vergleiche, die häufig verwendet werden, Tumor vs. Tumor nach Zuordnung zu Subtypen sind.

Das TCGA-Projekt hat Primärtumoren und übereinstimmende Normale pro Patient und Krebsindikation gesammelt und ein Exom (WXS)-Profil dieser Proben und ein Genom (WGS)-Profil einer Untergruppe von ihnen erstellt. In diesen Fällen ist der Primärtumor Gewebe, das aus dem Primärtumor entnommen wurde, und der übereinstimmende Normalwert ist normalerweise eine Blutprobe, könnte aber von einem Wangenabstrich oder einer anderen Quelle stammen. Wie Sie sich vorstellen können, wäre es hinsichtlich der Expression weniger sinnvoll, eine gematchte Kontrolle zu testen, die aus einem anderen Gewebetyp wie Blut stammt.

Bei den Expressionsdaten stammt der Großteil der Daten aus RNA-Seq und Array-basiertem Profiling der Primärtumordaten, und in einigen Fällen, in denen benachbartes normales Gewebe gesammelt und eingereicht wurde, hat die TCGA auch diese Proben profiliert. Dies ist wahrscheinlich das, was Sie mit Ihrem TN-Filter sehen, und im Allgemeinen haben Sie Probleme, äquivalente Mengen an übereinstimmenden Normalen im Vergleich zu Primärtumorproben für die Expressionsprojekte zu finden.

Übrigens hat das Unternehmen, für das ich arbeite, kürzlich ein kostenloses Genomik-Datenportal für die Forschungsgemeinschaft namens GeenPool Reference gestartet. Als Teil davon haben wir alle öffentlich zugänglichen TCGA RNA-Seq. Die Daten sind zusammen mit allen zugehörigen klinischen Metadaten für die Navigation und das Data Mining leicht verfügbar. Sie werden leicht in der Lage sein, die Menge der Proben und ihre übereinstimmenden Paare herauszufinden. Wenn Sie interessiert sind, können Sie sich hier die in GenePool Reference verfügbaren Datenprojekte ansehen: http://www.stationxinc.com/reference-library

~Sandtief