Ich studiere einen TCGA-Datensatz und versuche, Korrelationen zwischen der Genexpression und klinischen Daten zu finden, die Aufschluss über einige Signalwege geben könnten. Eine Spalte der klinischen Daten enthält eine Liste der Chemotherapeutika, die der Patient erhalten hat, und ich bin mir ziemlich sicher, dass es in dieser Spalte eine Fülle von Möglichkeiten gibt, aber ich weiß nichts darüber, wie Chemotherapeutika wirken oder für welche Dinge sie sinnvoll sind über sie einordnen.
Ich erstelle eine Tabelle mit folgenden Spalten:
Drug_Name
Number_of_Patients_Received
Mechanism
Associated_Drugs
Aber ich weiß nicht, was man sonst noch über diese Medikamente wissen sollte. Was ist Ihrer Meinung nach wichtig zu wissen, um zu verstehen, wie diese Medikamente möglicherweise eine interaktive Rolle bei den Signalwegen gespielt haben? Wenn Sie Empfehlungen zu Online-Ressourcen haben, freue ich mich, wenn Sie diese mit einer kurzen Erklärung erwähnen, was ich dort finden könnte. Aber meine primäre Frage ist, ob ich etwas über diese Medikamente nachschlagen sollte, um ihre Rolle/Auswirkung besser zu verstehen.
Es gibt diese Datenbank mit genetischen/medikamentösen Wechselwirkungen, die meiner Meinung nach ziemlich genau das ist, wonach Sie suchen.
Wahrscheinlich ist Ihr bester Ansatz, Ihre Medikamente in ein paar verschiedene Wirkungskategorien einzuteilen. Einige Medikamente müssen gleichzeitig in mehrere Kategorien eingeteilt werden (ich sehe hier Anthrazykline). Dosisabhängige Mutagene (Cisplatin), wachstumsabhängige Mutagene (Fluorouracil), Topoisomerase-Inhibitoren, Tyrosinkinase-Inhibitoren, Mikrotubuli-Inhibitoren, Retinoid-Signalgebung, Immun Adjuvantien und dann „Misc“.
Alkylierungsmittel und platinhaltige Medikamente wie Cisplatin schädigen direkt die DNA, während andere Medikamente (Methotrexat, Fluorouracil) die DNA zerstören oder schädigen, indem sie vorgeben, Nukleotide zu sein, und Dinge auf diese Weise brechen.
Anthracycline binden sich an DNA-Stränge und schädigen diese, erzeugen direkt freie Radikale, deaktivieren die Topoisomerase II und verdrängen Histone.
Es gibt die Topoisomerase-Inhibitoren, die das Zellwachstum verhindern, indem sie verhindern, dass DNA für die Replikation abgewickelt wird.
Es gibt eine ziemlich vielfältige (chemisch) Klasse von "Mitose-Inhibitoren", die die Bildung von Mikrotubuli oder die richtige Auflösung von Mikrotubuli vermasseln, von denen jede die Mitose verhindert.
Sunitinib blockiert Tyrosinkinasen, die an der Bildung von Blutgefäßen (und Nervenbildung und einigen anderen Dingen) beteiligt sind. Andere Tyrosinkinase-Inhibitoren sind spezifischer für die Rezeptoren des vaskulären endothelialen Wachstumsfaktors (VEGF), aber die meisten Tyrosinkinasen zielen mehr oder weniger spezifisch auf VEGFR und verwandte Rezeptoren ab. Einige sind Antikörper, andere nur kleine Moleküle, die TKRs binden.
Es gibt einige Retinoid-verwandte Medikamente, von denen die meisten die Vitamin-A-Signalwege beeinflussen, wie Tretinoin, Bexaroten usw. Doppelte Verwendung in Hautcremes.
Immunadjuvantien sollen das Immunsystem aktivieren, um die Zerstörung von Tumorzellen zu unterstützen. Interferon-alpha, Imidazochinolin und so weiter.
In der Kategorie Sonstiges: Bortezomib, ein kurzes Peptid, das den ordnungsgemäßen Proteinabbau stört. L-Asparaginase verlangsamt die gesamte Proteinproduktion, indem sie Asparagin, eine Aminosäure, zerstört. Einige Blutkrebsarten sprechen auf Kortikosteroide an, und einige Eierstock-/Hodenkrebsarten werden mit Sexualhormonhemmern behandelt. Fast jedes durch Blut übertragene Gift wirkt aufgrund des EPR-Effekts als Chemotherapeutikum , daher werden manchmal auch Schwermetalle oder radioaktive Isotope verwendet. Arsentrioxid zum Beispiel ist einfach Arsen.
Es lohnt sich auch, sich die Steroide anzusehen, die zusammen mit einer Krebsbehandlung (Dexamethason) verabreicht werden, um Nebenwirkungen zu mildern. Als regulatorische Hormone werden regelmäßige Steroidinjektionen einen erheblichen Einfluss auf die genetische Regulation haben. Wenn nichts anderes, ist es ein verwirrender Effekt, den Sie kontrollieren müssen.
Auch die Zubereitungen/Lösungsmittel von Chemotherapeutika können von Bedeutung sein. Cremophor wurde verwendet, um einige Krebsmedikamente auszusetzen, aber die jüngsten Entwicklungen deuten darauf hin, dass dies auf dem Weg sein könnte.
Die Resonanz lieferte ein gutes allgemeines Klassifizierungsschema, das zur Kategorisierung von Chemotherapeutika implementiert werden konnte. Eine weitere Ressource, die verwendet werden könnte, ist die folgende: http://www.genome.jp/kegg/drug/ . Dies ist eine ziemlich gute Klassifizierung von Medikamenten basierend auf ATC-Ressourcen ( http://en.wikipedia.org/wiki/Anatomical_Therapeutic_Chemical_Classification_System ). Diese beiden Ressourcen sind gute Ausgangspunkte.
Slavatron
Resonanz