Ich versuche, einen einfachen Weg zu finden, um eine Liste mutmaßlicher Ziele eines bestimmten Transkriptionsfaktors (z. B. STAT1) zu erhalten. Ich interessiere mich für Ziele, die sowohl anhand von experimentellen als auch rechnerischen Beweisen bestimmt werden. Ich dachte, es sollte einfach sein, eine solche Liste zu bekommen, aber ich habe es schwer. Könnte mir jemand dabei helfen, vorzugsweise mit einer konkreten Schritt-für-Schritt-Anleitung. Als Bonus interessiere ich mich auch für das umgekehrte Problem, nämlich für ein bestimmtes Gen eine Liste aller Transkriptionsfaktoren zu erhalten, für die es Hinweise darauf gibt, dass es dieses Gen reguliert.
Danke,
Jennifer
Wenn Sie an menschlichen Zielen interessiert waren, ist GeneCards eine einfache Möglichkeit, die andere Ressourcen aggregiert und rechnerische und (einige) experimentelle Daten kombiniert:
In diesem Fall ist das umgekehrte Problem besonders gut zugänglich: z ).
Wenn Sie daran interessiert sind, alle Gene eines bestimmten Transkriptionsfaktors zu erhalten, können Sie für etwa 150 USD pro Jahr eine Lizenz für den GeneALaCart-Dienst des Unternehmens erwerben, das die kostenlosen Genecards betreibt ( https://genealacart.genecards.org ), laden Sie eine Liste aller menschlichen Gene hoch (die Sie beispielsweise vom FTP-Server von ncbi erhalten könnten) und erhalten Sie eine Tabelle, die Transkriptionsfaktoren mit Genen verknüpft.
Sie können dafür Homer- Software verwenden, es ist Freeware. Homer verwendet eine Datenbank bekannter Motive, und STAT1 ist darin enthalten (suchen Sie auf der Webseite nach STAT1).
Mit Homer können Sie im gesamten Genom nach bekannten Motiven suchen. Sie können aber auch nach allen Motiven innerhalb eines bestimmten Bereichs des Genoms suchen. Für Ihre Bonusfrage müssen Sie also die Genomkoordinaten Ihres interessierenden Gens (einschließlich Promotorregion) erhalten und nach bekannten Motiven in diesem Bereich suchen.
Sie finden alles im Handbuch , das genau erklärt, welche Schritte Sie unternehmen müssen.