Dieser Artikel misst die Transkriptionsrate und die verwendete Einheit ist Microarray pro Stunde.
Beispielsweise beträgt die durchschnittliche Expression ihrer Gene bei 27 °C 236,1 Mikroarrays pro Stunde (Seite 4). Was bedeutet diese Einheit? Bedeutet dies angesichts der Tatsache, dass jeder DNA-Spot in einem Mikroarray 1 Picomol DNA ( Wiki ) enthält, dass das Gen in 1 Picomol RNA (oder Nukleotide?) pro Stunde transkribiert wird? Oder bedeutet das, dass jede Stunde 236.1 RNA erstellt wird?
Die Einheiten hier sind relative Intensitätseinheiten. Auf einem Microarray-Spot kann sich etwa ein Picomol an Sonden befinden, aber die Intensitätseinheiten sind nicht auf die genaue DNA-Konzentration auf dem Spot skaliert.
Es gibt viele Variablen, die es schwierig machen, exakte Intensitätsmessungen in die Anzahl der an einen Punkt gebundenen RNA zu übersetzen. Die wichtigste ist die unspezifische oder Nicht-Zielbindung. Das Oligomer auf der Array-Oberfläche ist typischerweise zwischen 25 und 50 Basen lang – es ist nicht die gesamte Länge der RNA, die von einem bestimmten Punkt getestet wird. Eine andere RNA kann teilweise oder größtenteils die gleiche Sequenz wie eine Sonde haben, oder einige markierte RNA neigt dazu, mit einigen Spots assoziiert zu werden. In der Regel führen Faktoren wie die Position des Flecks auf der Array-Oberfläche, die GC-Zusammensetzung der Sonde und Variationen in der Charge der RNA-Präparation ebenfalls dazu, dass die Intensität variiert.
Trotz alledem, mit den gleichen Vorbereitungsbedingungen und mit einem identischen Satz von Arrays, ist es gültig, die Intensität im Laufe der Zeit zu betrachten. In diesem Artikel nahmen die Forscher Array-Messungen zu verschiedenen Zeitpunkten und bei zwei verschiedenen Temperaturen vor, nachdem 4-Thiouracil zu den Zellen gegeben wurde, was es ermöglicht, die durch Transkription zu einem bestimmten Zeitpunkt produzierte RNA zu verfolgen.
Da die Einheiten willkürlich, aber immer noch proportional zu der in den Zellen gefundenen mRNA sind, ist ein Unterschiedsexperiment wie dieses gültig, auch wenn die absolute Konzentration einer bestimmten RNA immer noch ein wenig rätselhaft ist.