Agarose oder Agar? Warum verwenden DNA-Gele nur Agarose und wie gewinnt man Agarose aus Agar?

Agar ist eine relativ billige Substanz aus Rotalgen. Und es enthält eine Saccharid-Agarose sowie eine kleine Menge Pektin.

Agar wird unverändert für Kulturplatten verwendet, aber für DNA-Gele eine Agarose-Qualität, schätze ich, bei der das Pektin entfernt wurde. Was passiert, wenn ein Gel in Agar läuft? dh warum das Pektin entfernen?

Wenn Sie raten können, wie wird das Pektin entfernt? Ich weiß, dass es Enzyme gibt , die es tun könnten, aber ich bin mir nicht sicher, was wirklich verwendet wird.

@dd3 hat eine großartige Antwort geschrieben - insbesondere mit den Zahlen in der Antwort! Würde gerne eine Antwort darauf sehen, wie der industrielle Prozess aussieht.

Antworten (2)

Die Antwort auf den ersten Teil Ihrer Frage finden Sie auf Wikipedia :

Agar ist eine heterogene Mischung aus zwei Klassen von Polysacchariden: Agaropectin und Agarose. Obwohl beide Polysaccharidklassen das gleiche Rückgrat auf Galactosebasis teilen, ist Agaropectin stark mit sauren Seitengruppen wie Sulfat und Pyruvat modifiziert. Die neutrale Ladung und die geringere chemische Komplexität von Agarose machen es weniger wahrscheinlich, dass sie mit Biomolekülen interagiert, und daher ist Agarose die bevorzugte Matrix für die Arbeit mit Proteinen und Nukleinsäuren geworden.

Diese Seite vergleicht das Ergebnis der Verwendung von Agargelen mit dem der Verwendung von Agarose:Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Der zweite Teil Ihrer Frage: Hier ist ein Patent , obwohl ich keine Ahnung habe, ob diese Methode der Agarosereinigung weit verbreitet ist. Die Propylenglykol-Reinigung von Agarose scheint häufig aufzutauchen. Ich denke, Leute, die ihre eigene Agarose reinigen, verwenden diese Methode, aber ich bin mir nicht sicher, ob Biotech-Unternehmen andere Methoden haben.

BEARBEITEN: Es ist Propylenglykol, gefolgt von Ethylenglykol, das häufig verwendet wird, aber PEG wurde mindestens einmal verwendet .

danke für diese antwort! Ich habe mir ähnliche Patente angesehen, nachdem ich mir das angesehen habe, auf das Sie verweisen, und noch 1987 präzipitieren sie Agarose mit Glykolen oder PEGs ... sieht gut aus!
Gern geschehen. Es war eine gute Frage, und ich genoss es, eine Antwort zu finden.

Mit DMSO (Dimethylsulfoxid) kann Agarose getrennt werden. Nach etwa 2 Stunden Erhitzen und Rühren erhält man durch Filtrieren ein gelbes, steifes Agarosegel.

das ist cool! hast du ein rezept? Ich möchte das versuchen!
@shigeta: hier ist ein Papier
Agarose oder Agar? Warum verwenden DNA-Gele nur Agarose und wie gewinnt man Agarose aus Agar?
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