Agarosegel Leiterabstrich

Wir haben Probleme mit der Agarose-Gelelektrophorese. Vor ein paar Monaten hat es noch funktioniert, aber jetzt sieht die Leiter immer verschmiert aus. Wir haben die Komponenten (1x TBE, 100bp Leiter, andere Art von Agarose und Spannung) und Ausrüstung gewechselt. Wir haben auch 1,2 %, 1 %, 1,5 % und 2 % Agarose ausprobiert.

Ich würde mich freuen, wenn uns jemand helfen kann.

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

War die alternative Leiter neu, die Agarose? Wenn alle Ihre Komponenten alt sind oder unsachgemäß gelagert oder gehandhabt und somit beschädigt werden, werden Sie Schmierflecken bekommen.

Antworten (2)

Sind Sie sicher, dass Ihr TBE die richtige Verdünnung hat? Und dass Sie TBE verwenden, um das Gel herzustellen und auch als Puffer zum Laufen? Diese Art von Wellenlinie sieht aus wie das, was Sie erhalten könnten, wenn Sie das Gel mit Wasser anstelle von Puffer hergestellt oder es mit Wasser anstelle von Puffer laufen lassen würden. Sie könnten auch versuchen, TAE zu verwenden, um das Gel als Plausibilitätsprüfung herzustellen / auszuführen.

Ich unterstütze die Möglichkeit von Gelen, die mit Wasser anstelle von TBE-Puffer gegossen werden. Es ist ein klassischer Fehler, den viele Leute beim ersten Mal im Labor machen. Ein weiterer Klassiker wäre die Herstellung von Gelen aus einem 10x TBE-Vorrat und die Verwendung von 1x TBE für den Lauf.

Versuchen Sie, die Agarose-Konzentration noch weiter zu erhöhen, da es so aussieht, als hätten Sie eine anständige Trennung der kleinen Banden und eine schlechte Trennung der großen Banden. Versuchen Sie auch eine frische Ladung Agarose.

Ich würde vorschlagen, 2-4% in 0,5%-Schritten auszuprobieren

Wenn Sie 100 bp oder kleinere Fragmente verwenden, sollten Sie im Bereich von 4 % Agarose sein.

Hier ist ein schönes Beispiel für Agarose-Bereiche und minimale Unterschiede von PCR-Produkten, die aufgelöst werden können. https://www.qiagen.com/mx/resources/faq?id=1b23a0b3-32b4-4c1b-bd84-49b4b6a58311&lang=en

Agarosegel Leiterabstrich
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