Ich wurde kürzlich von einem Kollegen gefragt, ob man mRNAs direkt sequenzieren könnte. Ich habe dieses Nature Paper [1] gefunden, das 2009 von Helicos veröffentlicht wurde und in dem sie ihre Entwicklungen auf diesem Gebiet beschreiben. Es ist mehrere Jahre her, seit dies veröffentlicht wurde, und dennoch werden RNAseq und die meisten anderen Transkriptomanalysen immer noch durchgeführt, indem zuerst RNA in komplementäre DNA revers transkribiert wird.
Wie ist der aktuelle Stand der RNA-Sequenzierung? Hat Helicos seine Technologie nicht geliefert? Haben sich andere Plattformen der Herausforderung gestellt (oder dies versucht)? Oder ist die Technologie erfolgreich in der Produktion und wird immer noch von der breiten Einführung traditioneller cDNA-basierter Sequenzierungsmethoden überschattet?
Helicos stellte den Versand von Reagenzien zwischen 2010 und 2011 ein, da sie nicht mit Illumina konkurrieren konnten. Im Moment scheint es, dass die reverse Transkription -> Illumina-sequenzierte cDNA so viel billiger ist als jede andere Option, das ist die dominierende Methode.
Oxford Nanopore hat die direkte RNA-Profilierung diskutiert, aber leider wurde ihr erstes Produkt noch nicht ausgeliefert (für DNA oder andere), und sie haben noch nicht einmal Daten veröffentlicht, es kann noch eine Weile dauern.
Es gab gerade eine Veröffentlichung über In-situ-RNA-seq, aber im Moment liegt die Grenze der erhaltenen Sequenz bei unterwältigenden 4 bp. Dennoch ist es eine coole Technik, und wenn sie fortgeschritten ist, könnte sie für die Einzelzell-RNA-Seq nützlich sein, ohne dass eine Amplifikation oder Bibliotheksvorbereitung erforderlich ist