Aus einem Artikel ("Amelioration of Experimental Autoimmune Encephalomyelitis in Lewis Rats by FTY720 Treatment", 2003):
Wir führten eine PCR-Amplifikation in einem 100-μl-Reaktionsgemisch durch, das 200 μM jedes der regulären dNTPs, 10 pmol jedes Primers und 2,5 U TaqDNA-Polymerase (TaKaRa) unter Verwendung der Primer IL-2 (300 Basenpaare; bp), 5 , enthielt '-CAGCTGTTGCTGGACTTACAGG-3' und 5'-CACAGTTGATGGCTCATCATCG-3'; IL-6 (294 bp), 5'-GACTTCACAGAGGATACCC-3' und 5'-TAAGTTGTTCTTCACAAACTCC-3'; INF-γ (310 bp), 5'-GGATATCTGAGGAACTGGCAAAAG-3' und 5'-GCTAGATTCTGGTGACAGCTGGTG-3'; β-Aktin (461 bp) 5'-CATCGTGGGCCGCTCTAGGCA-3' und 5'-CCGGCCAGCCAAGTCCAGACGC-3'.
Ich bin mir nicht ganz sicher: Bedeuten sie, dass die Primer "spezifisch für das IL-2-Gen" sind?
Meinen sie „5′-CAGCTGTTGCT GGACTTACAGG-3′ und 5′-CACAGTTGATGGCTCATCATCG-3′ sind Primer, die spezifisch für das IL-2-Gen sind“?
Der Beschreibung nach sollen diese Primer spezifisch für das IL-2-Gen sein. Die Art und Weise, wie sie verwendet würden, wäre auf mRNA, nicht auf DNA, sodass Sie sie verwenden könnten, um das Niveau der IL-2-Transkription zu quantifizieren. Es scheint jedoch einen Fehler zu geben, denn während die erste Sequenz (5′-CAGCTGTTGCT GGACTTACAGG-3′) mit Ratten-IL-2- mRNA ab 120 in der Sequenz übereinstimmt, stimmt die zweite (CACAGTTGATGGCTCATCATCG) mit keinem IL überein -2; Eine BLAST-Suche ergibt nur zufällige und irrelevante Übereinstimmungen.
Dies kann ein Fehler im Papier sein (Kopieren und Einfügen der falschen Grundierung, was leider sehr häufig vorkommt); es könnte ein Konstruktionsfehler gewesen sein (jemand hat die falsche Grundierung verwendet und glückliche Ergebnisse erzielt, die den Erwartungen zu entsprechen schienen); oder ich mache etwas falsch, was ich nicht weiter versuchen werde zu beheben.
( Bearbeiten , wie @VonBeche in Kommentaren darauf hinweist, dass der Reverse Primer bei 398 fast eine Übereinstimmung ist, mit einer Ein-Nukleotid-Nichtübereinstimmung, die meine Suche durcheinander gebracht hat - möglicherweise eine allelische Variante, aber möglicherweise auch ein Fehler)
Artem