Benötigen Epitubes mit 0,2 vs. 0,5 ml unterschiedliche PCR-Maschinen, Inkubatoren usw.?

Eppendorf selbst und viele andere Unternehmen listen auf ihrer Website zwei der oben genannten Größen von "PCR-Röhrchen". Soweit ich weiß, sind 0,2 ml weitaus weiter verbreitet und "Standard" für die PCR. Stellen sie also verschiedene Maschinen für 0,5-ml-Röhrchen her oder passen 0,5-ml-Röhrchen in 0,2-ml-Löcher? Und was ist mit Inkubatoren und anderen Biogeräten, die Epitubes enthalten?

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Ich habe immer PCR- und qPCR-Reaktionen in 0,2-ml-Röhrchen durchgeführt, mir sind keine Blöcke bekannt, die für 0,5 ml ausgelegt sind, aber sie könnten existieren. Aber es gibt noch andere Formfaktoren, auf die Sie achten müssen. Einige (aber nicht alle) qPCR-Cycler sind nur für Low-Profile-PCR-Röhrchen ausgelegt. Einige ältere Maschinen können nur Rohre mit hohem Profil (Standard) verwenden, Adapter sind jedoch erhältlich. Einige Hersteller haben sogar Multi-Instrument-Workflows entwickelt, die beide erfordern. Sie müssen auch auf die Röhrchenfarbe achten, wenn Sie qPCR durchführen (im Zweifelsfall bei Clear bleiben) und auf 96-Well-Platten umranden.

Antworten (2)

Die Antworten sind sowohl Ja als auch Nein.

Viele PCR-Maschinen werden mit einem Block geliefert, der sowohl 0,2- als auch 0,5-ml-Röhrchen aufnehmen kann (z. B. dieser von Eppendorf**), oder mit austauschbaren Blöcken (z. B. Bio-Rad C1000**), dies hängt vom Hersteller, dem verwendeten Instrument und den gewünschten Spezifikationen ab. Bei einigen Maschinen, wie z. B. qPCR-Maschinen, ist es nicht sinnvoll, 0,5-ml-Röhrchenlöcher zu haben, da fast alle Assays in 96-Well-Platten mit 0,2 ml oder 384-Well-Platten (0,02 ml; mit einem anderen dafür ausgelegten Block) durchgeführt werden halten Sie diese Platten). Ein großer Teil davon, ob Sie verschiedene Röhrchen in verschiedenen PCR-Maschinen verwenden können, hängt davon ab, wie der (beheizte) Deckel schließt - wenn der Block für 0,5-ml-Röhrchen ist, dann geht der Deckel nicht weit genug für 0,2-ml-Röhrchen herunter, es sei denn ist einstellbar. Umgekehrt, wenn es für 0,2-ml-Röhrchen eingerichtet ist, senkt sich der Deckel für 0,5-ml-Röhrchen zu weit nach unten, was sie verformt und möglicherweise auch die Maschine beschädigt.

Statische Temperaturbrutschränke wie Thermomixer (Marke Eppendorf**) gibt es oft nur in einer Röhrchengröße (z. B. Eppendorf ThermoMixer F ), aber es gibt Thermomixer mit austauschbaren Röhrchenhaltern (wie ThermoMixer C ), die zwischen 0,5 ml - 50-ml-Tubenlöcher und sogar Plattenhalter.

Bei Röhrchengestellen kommt es wieder darauf an - manche tun es, manche nicht. Viele 1,5-ml-Röhrchengestelle können umgedreht werden, um Löcher für 0,5-ml-Röhrchen freizulegen, aber das hängt von der Marke ab. Sie können sicherlich Racks für 0,2-ml-Röhrchen (normalerweise im 96-Well-Format) kaufen, aber auch 10-ul-200-ul-Spitzenboxen eignen sich gut für diesen Zweck. 0,5-ml-Röhrchen passen in 0,2-ml-Racks, sind aber instabil und Sie können die Röhrchen nicht so dicht packen wie 0,2-ml-Röhrchen.

** Ich habe keine Zugehörigkeit zu Eppendorf, Bio-Rad oder einer anderen Marke und befürworte oder impliziere keine Befürwortung durch diesen Beitrag. Ich verkaufe oder vertreibe auch keine Produkte - ich bin einfach ein Endverbraucher.

Hier ist ein Top-Down-Foto des Heizblocks von einem Eppendorf 6331 Nexus Gradient MasterCycler ( Quelle ):

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Die meisten modernen Thermocycler von Eppendorf haben einen ähnlichen Block.

Sind das superkleine für 0,02-ml-Röhrchen, die @bob1 erwähnt?
@bardeadclown nein. Zählen Sie die superkleinen Löcher und Sie werden feststellen, dass sie viel weniger als 384 sind. Platten mit kleinerem Volumen pro Röhrchen haben eine höhere Dichte, da sie die Positionen in 4 kleinere aufteilen, wenn sie von grob nach feiner gehen
@masterX244 Es tut mir leid, ich habe nichts davon verstanden. Welche Bedeutung hat Nummer 384? Platten Ich nehme an, Röhrchenhalter sind grob, 0,5 ml und feiner 0,2 ml, und Dichte bedeutet Löcher pro Fläche, aber ich kann nicht sehen, an welchen Positionen diese superkleinen Löcher in 4 kleinere aufgeteilt werden. Und wofür sind diese 6 flachen Löcher?
@beardeadclown 384=4x96. Jede "Position" wird beim Erhöhen der Plattendichte in 4 kleinere aufgeteilt (außer wenn von einer Beckenplatte ausgegangen wird, die eine 1x1 ist). Die Abstufung ist 6, 24, 96, 384, 1536 auf den Standardplatten, die alle die gleiche Größe haben. Und ich vermute, dass die 6 flachen Löcher technisch bedingt sind.
@beardeadclown Ich stelle mir vor, dass die kleineren Löcher die Ausdehnung und Kontraktion des Blocks aufnehmen sollen, wenn er schnell erhitzt / abgekühlt wird. Ich bin mir nicht sicher, wofür die sechs größeren Löcher sind, aber ich glaube nicht, dass sie dazu gedacht sind, Röhren zu halten
@masterX244 Ich glaube, ich fange an zu verstehen. Gibt es eine frei verfügbare Ressource, in der ich mehr über PCR-Standardplatten, -röhrchen, deren Abmessungen, Design und technische Spezifikationen erfahren kann?
Sie können damit beginnen, Broschüren von Eppendorf und anderen Herstellern zu durchsuchen.
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