Diagramm der genetischen Diversität innerhalb der Art über Arten / Phyla hinweg?

Ich suche Informationen darüber, wie sich die genetische Vielfalt innerhalb einer Art (nicht zwischen Arten) zwischen Taxa unterscheidet. Mit anderen Worten: Ist die „Spreizung“ im genetischen Pool, gemessen zB am Single-Nucleotide Polymorphism (SNP), bei manchen Artengruppen generell größer/kleiner als bei anderen?

Meine Ad-hoc-Idee ist, dass Arten mit einem stärkeren phänotypischen Unterschied zwischen Individuen, wie z. Aber ich konnte keine Statistiken oder Forschung zu diesem Thema finden.

Ich interessiere mich besonders für Daten zu weit verwandten Taxa. Idealerweise wäre dies eine Tabelle mit Vergleichsdaten für Schwämme, Anneliden, Gliederfüßer, Fische, Säugetiere (einzelne Vertreter dieser Gruppen) oder sogar Pflanzen, Pilze, Archaeen, Bakterien …

Ich suche weder Informationen über die eigentlichen Genomsequenzen noch über die Biodiversität, sondern speziell über die genetische Vielfalt innerhalb von Arten aus verschiedenen Stämmen.

Das ist meine erste Frage hier, danke für eure Hilfe!

Ich kenne derzeit keine Ressource, die Sie verwenden können, aber Sie müssen sich bewusst sein, dass die genetische Vielfalt im Allgemeinen mit der (effektiven) Populationsgröße korreliert. Das bedeutet, dass Arten wie Insekten im Allgemeinen eine höhere genetische Vielfalt aufweisen sollten als Säugetiere, nur weil es mehr von ihnen in einer bestimmten Population gibt.

Antworten (1)

Sie können sich die heterozygoten SNP-Raten bei genomsequenzierten Arten ansehen, die ein Maß für die Diversität innerhalb der Arten sind.

Sie haben hier ein Beispiel in Abbildung 4: https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-016-1090-1

Sie können in der Abbildung sehen, dass gefährdete Arten eingezeichnet sind (die meisten davon mit geringer genetischer Vielfalt).

Außerdem befürchte ich, dass Ihre Ausgangshypothese nicht sehr gut ist. Unsere Art ist sehr arm an genetischer Vielfalt und hat wenig phänotypische Variationen. Die menschliche Spezies durchlief während ihrer Evolutionsgeschichte mehrere große Engpässe, die ihre Vielfalt verringerten. Auch Gorillas oder Riesenpandas sind vielfältiger als Menschen. Sie haben eine Voreingenommenheit, weil Sie ein Mensch sind und gut darin sind, Individuen von Ihrer eigenen Spezies zu unterscheiden.

Auch ein einzelner Vertreter aus jeder Gruppe wird nicht ausreichen, da die Unterschiede innerhalb einer Gruppe sehr groß sein können. Außerdem ist die phänotypische Variation in bestimmten Gruppen schwer zu messen.

Tut mir leid, dass ich etwas negativ bin

Ja, meine Ad-hoc-Hypothese ist wahrscheinlich falsch, wie sich nach einigen weiteren Recherchen herausstellt. Wenn andererseits ethologische Merkmale in die "phänotypische Vielfalt" aufgenommen werden, wird der Vergleich zwischen Heuschrecke und Mensch immer noch gelten. Aber kein direkter Zusammenhang mit der genetischen Vielfalt. Abbildung 4 ist Teil dessen, wonach ich suche, aber es sollte Inter-Phyla sein. Wie ich sehe, stößt man auf eine Reihe von Problemen, wenn man die Frage so stellt wie ich. Ich werde versuchen, dies ein bisschen mehr zu entwirren, wenn ich weiterlese.
Es stellt sich heraus, dass dies tatsächlich ein Thema in der jüngsten Diskussion ist: „Zu verstehen, warum einige Arten eine größere genetische Vielfalt aufweisen als andere, ist von zentraler Bedeutung für das Studium der Ökologie und Evolution und hat möglicherweise wichtige Auswirkungen auf die Naturschutzbiologie. Doch nicht nur diese Frage bleibt ungelöst ist es weitgehend in Vergessenheit geraten. Angesichts des raschen Rückgangs der Sequenzierungskosten argumentieren wir, dass es an der Zeit ist, es wiederzubeleben." journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/… und einige mehr.
Ich habe nicht gesagt, dass es nicht möglich oder nicht interessant ist, dies zu tun. Einfach, dass Menschen keine vielfältige Spezies sind. Tatsächlich lässt sich der HSNP-Wert recht einfach aus einem Genom berechnen, falls er nicht bereits von dem für die Assemblierung verantwortlichen Genomkonsortium berechnet wurde.
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