Ich gebe Eukaryoten im Titel an, aber ich bin auch interessiert, ob diese Frage nicht auf Eukaryotenzellen im Allgemeinen, sondern auf Menschen zutrifft. Ich las "RNA-seq: Eine Bewertung der technischen Reproduzierbarkeit und Vergleich mit Genexpressionsarrays" (John Marioni 2008) .
In den Ergebnissen heißt es
„Nach diesen Kriterien wurden 40 % der Reads eindeutig einem genomischen Ort zugeordnet, und davon 65 % autosomalen oder Geschlechtschromosomen (der Rest fast ausschließlich mitochondrialer DNA zugeordnet).“
Ich konnte nicht umhin, die „ fast ausschließlich mitochondriale DNA“ zu bemerken. Fast ausschließlich? Kann DNA an anderen Orten als Chromosomen oder Mitochondrien gefunden werden? Vielleicht interpretiere ich den Satz falsch. Jeder Hinweis wäre willkommen
Danke
In Pflanzen enthalten Chloroplasten und andere Plastiden DNA, aber ich nehme an, Sie interessieren sich mehr für Menschen. Zitat aus Wikipedia ,
In vielen Zellen wird auch zytoplasmatische DNA gefunden, die sich von nukleärer DNA unterscheidet, sowohl im Methylierungsniveau (das Zytoplasma hat weniger) als auch in der Sequenz. EccDNA oder extrachromosomale zirkuläre DNA ist in allen eukaryotischen Zellen vorhanden, stammt von genomischer DNA ab und besteht aus sich wiederholenden DNA-Sequenzen, die sowohl in kodierenden als auch in nichtkodierenden Regionen von Chromosomen gefunden werden. EccDNA kann in der Größe zwischen weniger als 2000 und mehr als 20.000 Basenpaaren variieren. Bei Tieren wurde gezeigt, dass eccDNA-Moleküle sich wiederholende Sequenzen enthalten, die in Satelliten-DNA, 5S-ribosomaler DNA und Telomer-DNA zu sehen sind. Die Funktion von eccDNA wurde nicht umfassend untersucht, aber es wurde vorgeschlagen, dass die Produktion von Elementen von eccDNA aus genomischen DNA-Sequenzen zur Plastizität des eukaryotischen Genoms beiträgt und die Genomstabilität, Zellalterung und die Evolution von Chromosomen beeinflussen kann
In einigen Referenzgenomen fällt mir D. melanogaster ein, es gibt Chromosomen, die als "U" bezeichnet werden und sequenzierte genomische Contigs von Kern-DNA enthalten, die keiner der genetischen Verknüpfungskarten oder zytogenetischen Chromosomen physikalisch zugeordnet wurden .
Diese Segmente werden wahrscheinlich von langen Regionen repetitiver DNA flankiert, und die Sequenzierungstechniken können diese Contigs nicht eindeutig mit den anderen riesigen Contigs verknüpfen.
Dexter
Malhar Khushu
Dexter