Erklärung der Allele der Vorfahren

SNP

Beginnen wir mit der Definition, die nichts mit dem Rest der Frage zu tun hat :). Ein Single-Nucleotide-Polymorphism (SNP) ist eine Art genetische Variation, die Sie in der Bevölkerung finden. Diese genetische Variation wird als eine Variation definiert, die durch nur ein einziges Nukleotid verursacht wird (wie der Name schon sagt). Wenn Sie zum Beispiel in den Populationen die beiden folgenden Varianten am selben Locus haben: AGCCGTund AGCTGT, dann haben Sie einen SNP an der Position von C und T. Diese Art von Variation ist sehr verbreitet. Wir schätzen, dass es etwa 10 Millionen SNPs im menschlichen Genom gibt. Wir verwenden diese SNPs oft als genetische Marker.

Vorfahren vs. abgeleitete Allele

Ein Vorfahren-Allel oder ein Vorfahren-Merkmal (je nachdem, ob Sie den Phänotyp oder den Genotyp betrachten) ist das Merkmal/Allel, das der gemeinsame Vorfahre des von Ihnen betrachteten Taxons trägt. Zum Beispiel: Wie Sie vielleicht wissen, umfasst das Taxon Reptilia Eidechsen, Schlangen, Schildkröten, Vögel, Säugetiere und einige andere Abstammungslinien. Im Taxon Reptilia sind die Schuppen der Ahnenzustand (gibt es zum Beispiel noch bei Eidechsen) und die Haare und Federn sind abgeleitete Zustände. Normalerweise ist der Ahnenstaat derjenige, der von den grundlegendsten Linien getragen wird.

Identität nach Staat (IBS) und Identität nach Abstammung (IBD)

Wenn zwei Sequenzen genau identisch sind, dann sagen wir, dass sie vom Zustand her identisch sind (IBS). Eine solche Identität kann entweder durch konvergente Evolution oder durch gemeinsame Abstammung entstehen.

Um das Konzept "identisch durch Abstammung" (IBD) zu verstehen, ist es wichtig, das Konzept der Koaleszenz zu verstehen. Ein zusammenwachsendes Ereignis ist, wenn man die Zeit zurückblickt, ein Ereignis, bei dem zwei Sequenzen tatsächlich dieselbe Sequenz waren. Oft wird IBD relativ zu einem bestimmten Zeitschwellenwert definiert. Wenn das Koaleszenzereignis nach diesem Ereignis auftritt, sind die beiden Sequenzen keine IBD. Wenn die beiden Sequenzen vor diesem Zeitschwellenwert verschmelzen und die beiden Sequenzen immer noch IBS sind, dann sind die beiden Sequenzen IBD

Alles zusammen überbrücken

Wenn Sie sich also Sequenzen in einer bestimmten Gruppe von Abstammungslinien ansehen und feststellen, dass sie alle genau gleich sind, dann sind sie nach Zustand identisch. Wenn Sie wissen, dass alle diese Sequenzen von einem gemeinsamen Vorfahren stammen und sogar alle zu einem einzigen Individuum im gemeinsamen Vorfahren verschmelzen, dann sind alle Sequenzen durch Abstammung identisch. Aber seit dem letzten gemeinsamen Vorfahren können einige Mutationen aufgetreten sein, die zu einigen SNPs geführt haben, dann sind alle Sequenzen nicht mehr IBS und daher auch keine IBD. Sie können eine solche Sequenzvarianz verwenden, um beispielsweise eine Phylogenie zu erstellen.

Ich hoffe, das hilft.