Etymologie von PAX-Proteinen

Gemäß InterPro ist eine gepaarte Domäne ein DNA-bindendes Element, das aus gepaarten N-terminalen und C-terminalen Subdomänen besteht, die durch einen Linker getrennt sind. PAX-Proteine ​​folgen diesem Motiv und repräsentieren als solche typischerweise eine Klasse von Helix-Turn-Helix-Transkriptionsfaktoren.

Box ist hier der interessantere Begriff. In der Genetik kann eine Box verwendet werden, um jedes regulatorische Element eines Gens zu beschreiben, einschließlich seines Promotors, UTRs und aller Enhancer- oder Silencer-Elemente. Lockerer verwenden sie auch Kästchen, um codierende Segmente eines Gens zu beschreiben, aber in älteren Veröffentlichungen.

Um jedoch auf Drosophila zurückzugehen, identifizierten Studien zur Embryogenese zunächst ein Protein namens paired , auch bekannt als prd . Homologiestudien zu Säuger-Transkriptionsfaktoren fanden das Vorhandensein einer prd-ähnlichen Domäne in menschlichen HUP-Transkriptionsfaktoren, und diese wurden in PAX umbenannt ( Ref .). Somit bezeichnet die Benennung von Proteinen der PAX-Familie klassischerweise nicht das Vorhandensein eines PRD- Regulationselements, sondern einer kodierenden Region für eine prd -ähnliche Domäne im Genprodukt.

Zusätzlich zu der anderen Antwort finden Sie im Folgenden einen historischen Kontext zur Benennung dieser Gene.

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1980 Oktober: Entdeckung von Pair-Rule-Genen in Drosophila.

Nusslein-Volhard C, Wieschaus E. 1980. Mutationen, die die Segmentzahl und -polarität in Drosophila beeinflussen . Nature 287: 795-801.

Wir haben eine systematische Suche nach Mutationen durchgeführt, die das Segmentmuster in Abhängigkeit vom zygotischen Genom beeinflussen ... Bei [Paarregelmutanten] sind homologe Teile des Musters in jedem anderen Segment deletiert

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1986 Mai: Isolierung des gepaarten Gens in Drosophila .

Kilchherr F, Baumgartner S, Bopp D, Frei E, Noll M. 1986. Isolation of the paired gene of Drosophila and its space expression during early embryogenese.

Hier berichten wir über die Isolierung des Pair-Rule-Gens Paired (prd) ... Transkripte von prd zeigen ein Muster von sieben gleichmäßig beabstandeten Bändern während des späten synzytialen Blastoderms, was eine Doppelsegment-Periodizität widerspiegelt ...

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1986 Dezember: Charakterisierung der Paired-Box-Domäne in Paired .

Bopp D, Burri M, Baumgartner S, Frigerio G, Noll M. 1986. Erhaltung einer großen Proteindomäne im gepaarten Segmentierungsgen und in funktionell verwandten Genen von Drosophila. Zelle 47: 1033-1040.

... wir zeigen hier, dass das prd- Gen eine dritte Domäne enthält, die etwa doppelt so groß ist wie die Homöo-Domäne, die gepaarte Box ...

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1988 Mai: Erste Verwendung der Abkürzung Pax zur Beschreibung von gepaarten Kästen , die murine Homologe zu gepaarten enthalten .

Deutsch U, Dressler GR, Griss P. 1988. Pax 1 , ein Mitglied einer Paired-Box-homologen murinen Genfamilie, wird während der Entwicklung in segmentierten Strukturen exprimiert. Zelle 53: 617-625.

Mit dem Ziel, Maus-Paired-Box-Homologe zu isolieren, wurde eine Maus-Paired-Box-Sequenz ( Pax 1 ) identifiziert, die eine umfassende Nukleotid- und Aminosäuresequenzhomologie zu allen drei bekannten Drosophila-Paired-Box-Genen zeigt.

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Als Antwort auf einen Kommentar zur anderen Antwort:

Gepaarte Box bezieht sich auf eine DNA-Sequenz/ein Motiv. Die eigentliche gepaarte Domäne ist ein DNA-Bindungsmotiv, das in einigen Transkriptionsfaktoren vorhanden ist. Die Kristallstruktur der gepaarten Domäne von prd wurde gelöst. PDB: 1PDN. Erwartungsgemäß sieht es nicht wirklich wie eine Box aus.

Xu W, Rould MA, Jun S, Desplan C, Pabo CO. 1995. Die Kristallstruktur eines gepaarten Domänen-DNA-Komplexes bei einer Auflösung von 2,5 Å offenbart die strukturelle Grundlage für Pax-Entwicklungsmutationen. Zelle 80: 639-650.