IBD-Wert im Stammbaum mit Inzucht

Ich habe eine Frage zu IBD. Siehe Abbildung unten. Wie viele Allelpaare sind IBD für X und Y, oder wie hoch ist der IBD-Wert für X und Y. Sind es vier (4)? Ich habe gesehen, dass es maximal 2 sind, aber dann gehen wir davon aus, dass keine Inzucht auftritt, oder?

Stammbaum

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Ein Identical-By-Descent (IBD)-Wert ist die Anzahl von Allelen, die aufgrund der Abstammung von einem gemeinsamen Vorfahren gleich sind. Da jedes (diploide) Individuum zwei Allele für ein bestimmtes ( autosomales ) Gen hat, kann die Anzahl derer, die mit einem anderen Individuum IBD haben, nur 0, 1 oder 2 sein.

In Ihrem Beispiel erben X und Y jedes ihrer Allele von A 2 , also ist ihr IBD-Wert 2. Inzucht ist nur eine extreme Form der Abstammung von einem gemeinsamen Vorfahren; es verursacht im Durchschnitt eine größere Wahrscheinlichkeit für hohe IBD-Werte als beim Vergleich von Individuen mit geringerer Inzucht. Siehe die Passage hier für mehr Details.

Danke für die Antwort @mgkrebbs. Ich bin immer noch ein bisschen verwirrt. Dies ist auf den folgenden Auszug aus Thompson: Pedigree Analysis in Human Genetics, 1986, The Johns Hopkins University Press, Seite 28 zurückzuführen: „Stellen Sie sich nun ein Paar Verwandte vor, von denen keiner Inzucht ist, obwohl ihre Eltern es möglicherweise sind Die beiden Individuen können zwei identische Gene tragen, es gibt nur drei Möglichkeiten der Genidentität (Abbildung 11): Die Individuen haben zwei Gene gemeinsam, oder eines oder keines.“ Bezieht sich der IBD-Wert auf nur eine Person oder auf die beiden betrachteten Personen?
Hmm. Ich sehe drei mögliche Lösungen: 1) die Individuen teilen 1 Allel IBD, das a-Allel 2) die Individuen teilen beide ihre Allele IBD, so dass IBD=2 3) alle alle sind IBD, so dass IBD=4 (Sie können machen 4 verschiedene Paare von IBD-Allelen). Es sieht so aus, als ob Thompson und der von Ihnen bereitgestellte Auszug die beiden Personen gleichzeitig betrachten; dh wie viele Allele teilen sich zwei Personen . Es sieht so aus, als ob sie nicht auf der individuellen Ebene suchen (dh wie viele der Allele einer Person teilt die Person mit der anderen.)
Wenn wir davon ausgehen, dass die Lösung von @mgkrebbs richtig ist, wie hoch wäre der IBD-Wert zwischen R und X, wenn R den Genotyp ca statt cd hätte? Nun hat R ein Allel mit X gemeinsam, aber X hat zwei Allele mit R gemeinsam.
IBD (und IBS) ist ein Merkmal der Beziehung zwischen den Genen zweier Personen, nicht ein Merkmal eines Gens oder Allels selbst. Die einzig möglichen Beziehungen sind also: keine Allele sind gleich, ein Allelpaar ist gleich und eines unterschiedlich, oder beide Allelpaare sind gleich. Wenn R' ca ist, dann haben R' und X einen IBD- (und IBS-) Wert von 1 - sie haben ein gleiches Paar . Die Allele sind ungeordnet – Sie wählen die Paarungen zwischen den Allelen der Individuen, um die IBD-Zählung zu maximieren, nachdem Sie ein Paar ausgewählt haben, wird das andere Paar ebenfalls bestimmt, da es die einzige Paarung ist, die dann existieren kann.
IBD-Wert im Stammbaum mit Inzucht
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