Kann das Intron beim alternativen Spleißen zum Exon werden?

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Wir können mehrere Exons sehen, die eigentlich Introns in anderen Genen sind. Es ist nicht wirklich ein anderes Gen, es ist ein alternatives Spleißen eines Gens. Mein Hintergrund ist nicht Biologie, also ist es möglich, dass sich alternatives Spleißen so verhält? Ich weiß nur, dass alternatives Spleißen nur Exon-Skipping ist und Introns nur Introns bleiben und nicht zu Exons werden. Kann mir das jemand erklären und Vorschläge machen, welchen Teil der Biologie (oder Genetik) ich lernen muss? Vielen Dank.

Ich bin mir nicht sicher, was Sie fragen. Wenn ein Teil der Sequenz in der reifen RNA endet, handelt es sich per Definition nicht um ein Intron.
Hm, du hast Recht. Also, denkst du von diesem Bild her, dass es nur Exon-Skipping ist? Wie heißt so ein Gen? Heißt es immer noch Isoform? Es fällt mir schwer, eine RNA-seq-Analyse für dieses Gen durchzuführen, da die Überlappungsposition am Ende dem 9-Gen zugeordnet werden kann.
Habe gerade kurz nachgelesen. Es scheint, dass jede Form unter der Kontrolle ihres eigenen Promoters steht. Dies bedeutet, dass A8 die ersten Exons aller anderen Formen ausspleißen muss (dies wäre Exon-Skipping). Andererseits enthält die A1-Prä-mRNA von vornherein keine anderen ersten Exons. Diese würden als Gen-Isoformen klassifiziert werden.
Vielen Dank. Können Sie vorschlagen, wo Sie diese Erklärung gelesen haben? Mein Wissen in Biologie ist wirklich begrenzt, also muss ich viel Material lesen, um mein Wissen zu verbessern.
Ich danke dir sehr. Alle diese Gene teilen sich also 4 Exons und unterscheiden sich nur im ersten Exon, richtig? Bedeutet das, wenn ich die Reads des ersten Exons zählen kann, kann ich die Gesamtzahl des Gens schätzen (z. B. UGT1A1). Weil das Problem darin besteht, dass das Ergebnis für die letzten 4 Exons mehrdeutig ist.
Ich weiß nicht viel über die Analyse von RNA-seq-Daten, aber das klingt für mich plausibel.

Antworten (2)

Die meisten der von Ihnen angezeigten Transkripte haben unterschiedliche Transkriptionsstartseiten. Mit anderen Worten, dies geschieht aufgrund alternativer Transkriptionsstartstellen. Dies ist also kein typisches alternatives Slicing. Einige Gene haben unterschiedliche Transkriptionsstartstellen, aber der Fall, den Sie zeigen, hat außergewöhnlich viele Startstellen.

Wenn ein Teil der Sequenz in der reifen RNA endet, handelt es sich per Definition nicht um ein Intron (abgesehen von anormalen Spleißereignissen und seltener Intronretention).

Speziell zu Ihrer Frage scheint es, dass jedes Formular unter der Kontrolle seines eigenen Promoters steht. Dies bedeutet, dass A8 die ersten Exons aller anderen Formen ausspleißen muss (dies wäre Exon-Skipping). Andererseits enthält die A1-Prä-mRNA von vornherein keine anderen ersten Exons. Diese würden als Gen-Isoformen klassifiziert werden

Verweise:

Owens IS, Basu NK, Banerjee R. 2005. UDP-Glucuronosyltransferasen: Genstrukturen der UGT1- und UGT2-Familien. Methoden Enzymol 400:1-22.

NCBI-Gen: UGT1

Kann das Intron beim alternativen Spleißen zum Exon werden?
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