Ich habe das erste Exon des MC1R-Gens von 15 Labradoren (genomische DNA) sequenziert, um nach der Loss-of-Function-Mutation (C.916C>T) zu suchen, und wie erwartet war es dort, wo es hätte sein sollen (916. Basenpaar). Als ich die SNPs mit dem Phänotyp der Hunde verglich, fand ich eine zweite Mutation, die ebenfalls zu 100% mit dem Phänotyp der Hunde korrelierte. Die Mutation befindet sich 45 Basenpaare vor dem Startcodon des ersten Exons. Meiner Meinung nach sollte die Region, die direkt vor dem ersten Exon liegt, nicht Teil der kodierenden DNA sein. Wenn ja, warum könnte diese Mutation evolutionär konserviert worden sein? Oder irre ich mich einfach darin, dass die Mutation vor dem ersten Exon auch Teil des Gens für MC1R sein könnte (was bedeutet, dass es ein Intron vor dem ersten Exon geben würde, von dem ich nicht sicher bin, ob das möglich ist)?
Wenn Sie 2 verschiedene Mutationen haben (unabhängig davon, wo sie in Bezug auf das endgültige Genprodukt sitzen) und beide perfekt mit einem bestimmten Phänotyp korrelieren (und Sie jede andere mögliche Ursache ausgeschlossen haben), können Sie formal nicht sagen, ob die erste Mutation oder die zweite oder beide Mutationen sind für Ihren Phänotyp erforderlich. (Obwohl Sie fundierte Vermutungen anstellen oder sich auf externe Informationen verlassen können ...)
Loss-of-Function-Mutationen müssen nicht in der proteinkodierenden Region liegen (sondern einfach in einem Teil des Genoms, der für die Expression eines Gens in Richtung eines Phänotyps erforderlich ist).
Polymorphismen können auch neutral sein – insbesondere bei künstlich gezüchteten / selektierten Tieren, wie den wolfsähnlichen Tieren, die wir jetzt Labradore nennen. Sie können sich leicht ein Szenario vorstellen, in dem einige neutrale Mutationen in einem Individuum vorhanden sind, das eine wünschenswerte / selektierbare Mutation hätte. Wenn sich diese neutrale Mutation innerhalb weniger 100 bp von der ausgewählten Mutation befindet, wurde sie wahrscheinlich nicht von der ausgewählten Eigenschaft/Mutation abgekoppelt.
Die Region in der mRNA stromaufwärts der Startstelle ist 5' UTR; 5'-untranslatierte Region. UTRs haben manchmal regulatorische Funktionen. Oder die UTR-Mutation ist vielleicht nur mit dabei und hat überhaupt keine Wirkung. Sie können im Allgemeinen nicht auf einen nicht kodierenden SNP schauen und feststellen, ob er ohne andere Informationen funktioniert, es sei denn, er bringt eine der ersten wenigen Basen einer bekannten Spleißstelle durcheinander.
EDIT: Ich verstehe immer noch nicht. Liegt die Mutation im ersten Exon vor dem Startcodon oder vor dem ersten Exon? Es gibt keine Spleißstelle stromaufwärts des ersten Exons.
Nur zur Verdeutlichung ist die Mutation 45 bp stromaufwärts der Proteinstartstelle und außerhalb des ersten Exons. (Das erste Exon muss nicht die Proteinstartstelle enthalten. Es gibt mRNA, bei der die Proteinstartstelle im zweiten Exon liegt.)
1 - Deine mRNA beginnt nicht dort, wo du denkst. Säugetierproteine haben mehrere Isoformen. Und vielleicht hat Ihr interessierendes Protein eine funktionelle Isoform mit einer alternativen Startstelle weiter stromaufwärts.
2- Labradors sind Inzuchtlinien. Die meisten Hunderassen sind Inzucht. Vielleicht ist die Mutation außerhalb des Exons nur für die Fahrt da.
3- Die Mutation hat den Promoter beschädigt. Dein Gen ist in Ordnung. Aber da der Promotor eine Mutation war, liegt die Genexpression jetzt unter dem Niveau, das für einen normalen Phänotyp erforderlich ist.
4- Der Beginn des ersten Exons wurde mit Miss-Annotierung versehen. Die Mutation befindet sich im Exon, insbesondere im 5UTR. Und diese Mutation hat in irgendeiner Weise die Ribosomenbindung bewirkt
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