Primerdesign mit Primer-BLAST

Ich versuche, Primer für die Sanger-Sequenzierungs-SNP-Erkennung zu entwerfen. In der Vergangenheit habe ich Primer-BLAST verwendet , aber ich versuche, KRAS-Codon-12-Mutationen aufzuspüren. Das Problem ist, dass Sie in Primer-BLAST die refseq-Gen-ID angeben und daher anscheinend keine Primer außerhalb des Genortes entwerfen. Das bedeutet, dass meine Primer auf dem SNP sitzen werden. Gibt es eine Möglichkeit, Primer-BLAST den genauen Locus mitzuteilen, den ich zu sequenzieren versuche? Oder gibt es einen besseren Weg, dies zu tun? Danke.

Antworten (2)

Sie können die Designbereiche im Primer-BLAST-Bildschirm manuell einschränken.

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  1. Zunächst sollten Sie die Zielsequenz eingeben. In diesem Fall ist es NC_000012.12 , was Chromosom 12 mit dem KRAS-Gen entspricht.
  2. Sie sollten die Position der Variante bestimmen, die Sie an diesem Chromosom interessiert. Die KRAS G12D - oder rs121913529 - Variante befindet sich in 25245350. Position. Sie können die Position einer bestimmten Variante auf dbSNP finden .
  3. Für die Sanger-Sequenzierung beträgt die empfohlene Größe 600-1000 bp. Wir sollten also Bereiche +/- 300-500 bp neben der Variant-Position auswählen.
  4. Für den linken Primer wählen wir From:25244850 To:25245050; Für die richtige Grundierung wählen wir From:25245650 To:25245850. Und dann einreichen.
  5. Hier sind die Primer-Sets, die Sie suchen. :)

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So wie ich die Frage formuliert habe, ist dies die richtige Antwort, und ich weiß es zu schätzen, dass dies für mich funktioniert, wenn ich versuche, G12D zu bekommen. Aber das Problem, das ich auch zu lösen versuche, ist, was passiert, wenn die Variante, die ich zu finden versuche, sich in einer der ersten 100 Basen befindet, die in der RefSeq-Zugangsnummer aufgeführt sind. Also sollte die „Von“-Nummer für die Grundierung so etwas wie -350 sein. Ist das möglich?
Ich verstehe Ihre Frage. Leider ist es nicht möglich. Ich schlage vor, dass Sie anstelle der RefSeq-ID eine größere Sequenz eingeben können, z. B. ein Chromosom.
ja das macht sinn, so hab ich mir das auch gedacht. Danke.

Für die Sequenzierung von Primern habe ich dieses Tool immer mit großem Erfolg eingesetzt. Sie können festlegen, wie viele Basen Sie vor Ihrem Ziel einschließen möchten, und definieren, wie große Exons geteilt und keine festgelegt werden. von überlappenden Basen. Ich denke, das ist es, wonach Sie in Ihrem Kommentar zur vorherigen Antwort fragen. http://ihg.gsf.de/ihg/ExonPrimer.html

stehe gerne zur Verfügung :)
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