Warum kann ein Typ-II-Restriktionsenzym eine Nukleinsäure mit folgender Basenzusammensetzung nicht schneiden:
A: 28 % C: 15 % G: 35 % T: 22 %
Ich nehme an, das ist eine Hausaufgabe, keine echte Neugier. In diesem Fall werde ich Ihnen hier zwei verschiedene Antworten geben: die Standardantwort, von der ich glaube, dass Ihr Lehrer / Dozent sie erwartet, und eine kompliziertere im Anhang .
Das erste, was die Aufmerksamkeit auf die Frage lenkt, sind die Basisprozentsätze. Offensichtlich folgt es nicht der berühmten Watson-Crick-Paarungsregel (A paart sich mit T, G paart sich mit C), und deshalb sehen wir die Chargaff- Regel in dieser Nukleinsäure nicht.
Es handelt sich also nicht um eine doppelsträngige DNA (dsDNA), sondern um eine einzelsträngige DNA (ssDNA).
Davon abgesehen kann die Antwort auf diese Frage in etwa so lauten:
Ein RE vom Typ II kann diese Nukleinsäure nicht schneiden, da es sich um eine ssDNA handelt.
Nachtrag:
Hier gibt es eine Komplikation, die die vorherige Antwort fragwürdig machen kann.
Restriktionsenzyme vom Typ II spalten nur reguläre , dh doppelsträngige DNAs. Sie können also keine ssDNAs spalten, was unsere gerade gegebene Antwort bestätigt.
Das Problem ist jedoch, dass ssDNAs Loop-Strukturen bilden können, in denen es zu einer Paarung zwischen Basen im selben Strang kommt. In diesen Strukturen ist DNA technisch gesehen dsDNA und kann als solche durch Typ-II-RE gespalten werden. Schauen Sie sich zum Beispiel dieses Papier an: Typ II-Restriktionsendonucleasen spalten einzelsträngige DNAs im Allgemeinen .
Abgesehen davon spalten RE vom Typ II tatsächlich ssDNA (an Stellen, an denen ssDNA Schleifen bildet und strukturell einer dsDNA ähnelt), was die Frage selbst bedeutungslos macht.
alec_dschinn
AlexDeLarge