Was ist das längste bekannte Transkript?

Was ist das längste bekannte funktionelle Transkript? Ich frage mich über die RNA-Länge nach dem Spleißen, also ohne Introns.

Sie suchen nach dem längsten, prozessierten mRNA-Transkript. Bei welcher Art? Menschlich?
Ich habe mich gefragt, ob jemand etwas außerhalb des menschlichen Sets kennt. Vielleicht haben wir heute einen in den Datenbanken gefunden ...

Antworten (2)

Top 10 der lang verarbeiteten Transkripte beim Menschen (mit mehreren Isoformen), aus Gencode 19-Anmerkungen:

Transcript    Length(bases)
------------------------
TTN-018        108861     <-- Titin
TTN-019        103988      
TTN-002        101206     
KCNQ1OT1-001    91666
TTN-201         82413
TTN-202         82212
TTN-003         81838
MUC16-001       43732
TSIX-001        37026
MCC-009         29616

Ignorieren von Isoformen (nur die längsten Isoformen gezeigt)

Transcript    Length(bases)
------------------------
TTN-018         108861
KCNQ1OT1-001     91666
MUC16-001        43732
TSIX-001         37026
MCC-009          29616
TRAPPC9-015      29514
SYNE1-001        27602
GRIN2B-001       27204
OBSCN-011        26811
NEB-204          26020

Titin ist eindeutig das längste Transkript beim Menschen

Dies ist jedoch die Liste der längsten Gene :

Gene           Length(Kb)
-------------------------
CNTNAP2        2304.64
LSAMP          2186.93
DLG2           2169.35
DMD            2092.29
PTPRD          2084.57
MACROD2        2057.83
CSMD1          2056.87
EYS            1987.24
LRP1B          1900.28
PCDH15         1806.76
CTNNA3         1783.65
ROBO2          1740.82
RBFOX1         1691.87
NRXN3          1619.64
DAB1           1548.83
RP11-420N3.2   1536.21
PDE4D          1513.42
FHIT           1502.09
AGBL4          1491.06
CCSER1         1474.33

Top 5 in Zebrafisch (Zv9.75); längste Isoformen:

ttna-203             93727   <-- Titin
ttnb-202             82632
si:dkey-16p6.1-001   67263
syne2b-201           31867
si:dkey-30j22.1-001  29269

Top 5 bei Drosophila (FlyBase r6.02); längste Isoformen:

dp-RQ           71300   <-- Dumpy
sls-RP          56448   <-- Titin
Muc14A-RA       48719
Msp300-RG       43105
Ank2-RU         42107

Top 5 in C.elegans (WormBase WS220); längste Isoformen:

W06H8.8g        55623   <-- Titin
K07E12.1a.2     39257   <-- dig-1
ZK973.6         25608
C09D1.1b        24198
C41A3.1         23457

Top 5 in Arabidopsis (TAIR 10.23):

AT1G67120.1     16272   <-- Midasin homolog
AT3G02260.1     15451   <-- Calossin-like protein
AT5G28263.1     15194
AT1G43060.1     14622
AT5G30269.1     14590

Top 5 in Hefe (SGD):

YLR106C         14733   <-- Midasin
Q0045           12884   <-- Subunit I of cytochrome c oxidase
YKR054C         12279
YHR099W         11235
YDR457W          9807
Es scheint, dass Titin bei vielen Arten ganz oben auf der Liste steht. Interessant.

Ich denke, ein guter Kandidat ist das menschliche Titin -Gen. Das Gen selbst hat 363 Exons, je nach Isoform hat es zwischen 27.000 und 34.000 Reste. Dies macht eine prozessierte mRNA-Länge von bis zu 100 kb für die Isoform voller Länge aus. Siehe entweder den Wikipedia-Artikel oder den unten verlinkten für weitere Details:

Wenn Sie nach dem längsten Primärtranskript suchen, sollte das menschliche Dystrophin -Gen Ihr Favorit sein. Es hat eine Länge von etwa 2,4 Megabasen für das primäre Transkript, das verarbeitete Transkript hat nur eine Länge von etwa 14 kb. Es dauert ungefähr 16 Stunden, um die Sequenz zu transkribieren und co-transkriptionell zu spleißen. Siehe hier für mehr Details:

Warum werden 2,4 Millionen Basen transkribiert und auf 14.000 reduziert? Scheint Zeit- und Energieverschwendung zu sein, ganz zu schweigen von dem Potenzial für Mutationen, die, wenn Muskeldystrophie irgendein Hinweis ist, tödlich wären.
Alternatives Spleißen ist sicherlich eine seltsame Sache. Die Biologie ist nicht rational, aber die menschliche Wissenschaft hat noch keine lebende Zelle aus den Grundprinzipien hervorgebracht ...
In solchen Fällen frage ich mich, warum sich alternatives Spleißen lohnen würde. Wenn Sie 2,4 Millionen Basen durch 14000 Basen teilen, erhalten Sie 171,4. Scheint, als könnten Sie einfach mehrere Kopien von Dystrophin erstellen, um alle Isoformen abzudecken und trotzdem Platz zu sparen, und müssen nur die gewünschte Kopie transkribieren. Evolution hätte einen Abschluss als Ingenieur bekommen sollen.
Ich habe keine Referenz dafür, aber mir wurde einmal von einem Professor gesagt, dass die Transkription eines langen Entwicklungsgens bei Drosophila länger dauert als die Länge des Zellzyklus während der anfänglichen Entwicklung, so dass es nicht tatsächlich exprimiert wird, bis sich der Zellzyklus verlängert später in der Entwicklung. Das ist vielleicht eine Antwort (wenn auch ungewöhnlich) auf die Frage, warum manche Gene so lang sind.
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