Was ist die korrekte Bezeichnung von Aminoacyl-tRNAs?

Ich möchte auf eine Aminoacyl-tRNA mit dem Anticodon 3'-UAC-5' hinweisen, die mit Methionin beladen ist. Was ist der richtige Name für dieses Molekül?

Ich arbeite nicht mit tRNA, aber die Konvention, die mir für eine solche tRNA beigebracht wurde, war M e T − T R N A M e T . Ich kenne keine Standardnomenklatur, die das Anticodon enthält, was nicht heißen soll, dass es keine gibt.
@canadianer – Es gibt, aber es ist nur bis zu einem gewissen Punkt angemessen, und das spezielle Beispiel wirft eine Art von Komplikation auf. Ich werde morgen im Detail posten, wenn sonst niemand hat.
@David, deine Erklärung würde mich sehr interessieren.
OK. Ein bisschen obsessiv, aber vor vielen Jahren war ich für ein Kapitel über Proteinsynthese in einem Lehrbuch verantwortlich. Das Fehlen einer Standardnomenklatur (es sei denn, ich habe etwas übersehen) spiegelt sowohl die geringere Anzahl von Menschen wider, die heute an RNA als an DNA arbeiten, und die große Anzahl von tRNA-Genen in Eukaryoten.

Antworten (1)

Minimale Antwort

Wenn alles, was Sie tun möchten, genau das ist, was Sie angegeben haben, scheint das Format auf der Grundlage eines Papiers aus dem Jahr 2013 über die im 1000-Gene-Projekt identifizierten menschlichen tRNAs wie folgt zu sein:

Met-tRNA Met (CAU)
oder
Methionyl-tRNA Met (CAU)

Beachten Sie, dass das Anticodon in 5ʹ→3ʹ-Richtung geschrieben ist, wie in der Veröffentlichung, und dass Met groß geschrieben wird, wie in dieser IUPAC-Veröffentlichung von 1970 (sic) empfohlen.

Ich habe diesbezüglich Vorbehalte, da ich keine Empfehlungen zur tRNA-Nomenklatur finden konnte (nicht einmal in RNA-Journalen) und das Papier Gene betrifft (obwohl dort eine andere Nomenklatur verwendet wird – Transfer RNA-Met (CAT) 1-1 usw. ). Darüber hinaus basiert meine Empfehlung, CAU anstelle von CAT (in der zitierten Arbeit verwendet) nur auf meiner Erfahrung von Wissenschaftlern, die an tRNA arbeiten, anstatt ihre Gene zu verwenden (obwohl dies in einem breiteren Kontext gerechtfertigt sein kann: siehe unten ).

Eine Variation davon findet sich in einem Papier von 2017 :

M e T - T R N A M e T C A U

Ich vermute also, dass es keine "offizielle" Nomenklatur gibt.

Probleme, eine umfassendere Antwort zu geben

Die obige Antwort reicht unter Umständen aus, z. B. um in einer Arbeit oder einem Vortrag zwischen zwei Arten zu unterscheiden (z. B. mit unterschiedlichen Anticodons, was bei Methionin jedoch nicht vorkommt). Die Probleme treten auf, wenn Sie eine tRNA von allen anderen tRNAs unterscheiden möchten, die in einer Zelle vorhanden oder in einem Genom kodiert sind. Ich liste einige mögliche Unklarheiten auf:

  • Initiierende v. Elongierende Met-tRNAs (im zitierten Fall)
  • Anticodons, die modifizierte Basen enthalten
  • Unterschiedliche tRNAs mit derselben Aminosäurespezifität und demselben Anticodon
  • Cytoplasmatische vs. mitochondriale tRNAs in Eukaryoten
  • tRNAs verschiedener Arten

Mögliche Lösungen

Verschiedene Met-tRNAs

Dies ist oft am wichtigsten, da sowohl initiierende als auch verlängernde Met-tRNAs das gleiche Anticodon haben, aber strukturell und funktionell verschieden sind. Die Unterscheidung erfolgt im Allgemeinen über einen Index : ursprünglich 'f' bzw. 'm', aber für Eukaryoten jetzt allgemein 'i' oder kein Index:

M e T - T R N A F M e T Ö R M e T - T R N A M M e T

M e T - T R N A ich M e T Ö R M e T - T R N A M e T

Anticodons, die modifizierte Basen enthalten

Es wurde schon früh beobachtet, dass die Anticodons von tRNA modifizierte Basen enthielten – zB Inosin, das bestimmte Muster der „Wackel“-Codon-Erkennung aufwies ( siehe meine Antwort auf eine andere SE-Frage ). Daher wäre es in vielen Fällen wichtig, diese anzugeben – weshalb ich die Verwendung von U anstelle von T empfehle, z

Tyr-tRNA Tyr (GΨA)

tRNAs mit gleichem Anticodon

Die Genduplikation führt häufig zu tRNAs mit derselben Spezifität und demselben Anticodon. In einigen Fällen sind die Sequenzen identisch, sodass eine Unterscheidung nicht möglich ist, in anderen Fällen treten jedoch Mutationen auf, die die Funktion nicht verändern. Um solche Arten mit einer einzelnen Base (hier an Position 40) zu unterscheiden, verwendet das 1000-Genome-Papier den folgenden Stil:

(G40) tRNA -Arg (GCA)

oder

(C40) tRNA Arg (GCA)

Auf genetischer Ebene wird für menschliche tRNAs eine willkürliche Nummerierung verwendet , z

transferiere RNA-Met (CAT) 1-1

transferiere RNA-Met (CAT) 1-2

während in Drosophila eine Variante dieses Stils verwendet wird, zB

Transfer-RNA:Methionin-CAT 1-1

Transfer-RNA:Methionin-CAT 1-2

Zytoplasmatische vs. mitochondriale tRNAs

Es ist wichtig, daran zu denken, dass die Mitochondrien von Eukaryoten ihren eigenen Satz von tRNAs enthalten, und diese gegebenenfalls durch ein vorangestelltes „mitochondrial“ zu unterscheiden. Bei Drosophila wäre das Symbol „mt:tRNA:Met-CAT“ und der Name „mitochondrial transfer RNA:Methionine-CAT“.

Spezies

Offensichtlich kann man die Art durch ein vorangestelltes Adjektiv spezifizieren. Ich erwähne dies, um darauf hinzuweisen, dass der Satz von tRNAs für verschiedene Arten unterschiedlich ist.

Gute Antwort. Ich habe Ihre Word-Gleichungen mit LaTeX gesetzt und Methionin-tRNA in Methionyl-tRNA geändert, basierend auf den Empfehlungen der IUPAC-Veröffentlichung von 1970.
@canadianer — Danke. Man beschäftigt sich so sehr mit den schwierigen Dingen, dass man Fehler in den einfachen nicht bemerkt.
@David, das ist großartig. Ich arbeite nicht mit RNA, außer wenn ich meinen Biologiestudenten Transkription und Übersetzung beibringe. Ich möchte, dass sie ein konsistentes Benennungssystem haben, wenn ich ihnen von verschiedenen tRNA-Molekülen mit ihren jeweiligen angehängten Aminosäuren erzähle.
Was ist die korrekte Bezeichnung von Aminoacyl-tRNAs?
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