Welcher ORF übersetzt wird

Ich habe eine Frage zu ORF und der Übersetzung in Protein. Angenommen, ich habe ein RNA-Transkript, das zwei ORFs enthält, einen in Phase 1; eine in Phase2; als:

ORF Nummer 1 im Leserahmen 1 auf dem direkten Strang erstreckt sich von Base 529 bis Base 759.

ORF Nummer 2 im Leserahmen 3 auf dem direkten Strang erstreckt sich von Base 849 bis Base 1223.

Also ORF Nummer 1 kommt früher im Transkript, aber ORF Nummer 3 ist länger..

Wird immer der erste ORF übersetzt?

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  • Es ist in einem eukaryotischen Organismus und dasselbe Gen (es ist dasselbe Transkript)

  • Ich verwende den ORF-Finder ( http://www.bioinformatics.org/sms2/orf_find.html ) für meine Transkriptsequenz und er gibt mir zwei potenzielle ORFs (ORF 1 und ORF 2 in zwei verschiedenen Frames).

Danke

Das ist unmöglich zu beantworten. Sprechen Sie von Bakterien oder eukaryotischen Zellen? Sind das unterschiedliche Gene?
Es gibt mehrere Parameter wie das Vorhandensein einer proximalen Ribosomenbindungsstelle in Prokaryoten oder der Kozak-Sequenz in Eukaryoten, Sekundärstrukturen usw.
Bitte bearbeiten Sie Ihre Frage und klären Sie sie. Die Antwort könnte je nach Details ORF1, ORF2 oder beides oder keines sein. Ist das bei einer Spezies, die Introns hat? Wird die RNA gespleißt? Reifen? Sind das die gleichen Gene? Was genau meinst du mit ORF? Sind sie beide durch ein STOP-Codon terminiert?
Um es noch schlimmer zu machen, ist das eine virale RNA, die ORFs durch IRES trennt?
Ein offener Leserahmen ist einer, der sich über eine gewisse Distanz erstreckt, ohne eines der drei Translationsterminationscodons zu enthalten. Das hat nichts mit Übersetzungseinleitung zu tun. Die Translation sowohl in Prokaryoten als auch in Eukaryoten erfordert ein AUG-Initiationscodon. Sie erwähnen nicht, ob es in Ihrem hypothetischen Transkript AUG-Codons im Leserahmen gibt. Ohne diese Informationen wäre niemand in der Lage, eine sinnvolle Antwort zu geben.
Zusätzlich gibt es alternative Startcodons.

Antworten (2)

Wenn beide ORFs, die das Web-Tool vorhergesagt hat, mit einem AUG-Initiationscodon beginnen, lautet die Lehrbuchantwort, dass die 5'-Kappe auf eukaryotischen mRNAs das erste Merkmal ist, das vom Translationsapparat erkannt wird, und das Ribosom scannt entlang, bis es findet die erste AUG (es ist eine vereinfachte Beschreibung). Wenn jedoch mehrere AUGs nahe beieinander liegen, wird diejenige bevorzugt, die am besten zur Kozak-PWM (Positionsgewichtungsmatrix) passt. Die Kozak-Sequenz kann angenähert werden durch: CCATGG, das auch von dem Restriktionsenzym NcoI erkannt wird. Stark exprimierte Gene neigen dazu, am ehesten mit dem Kozak-Konsensus übereinzustimmen.

Der häufigste Fall dieser Art ist eine prokaryotische mRNA, bei der regelmäßig polycistronische Gene auftauchen. In diesem Fall können sich die Ribosomen frei an die RNA anheften und beide Gene werden normalerweise co-translatiert .

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Der Anteil der Translation zwischen den beiden Genen variiert in Abhängigkeit von der Affinität des Ribosoms zur mRNA, die teilweise durch die Sequenz der Ribosomenbindungsstelle bestimmt wird.

Wenn auf der mRNA viel Transkriptionsaktivität vorhanden ist, können viele Ribosomen gleichzeitig jeden einzelnen ORF übersetzen, wie Sie in der obigen Mikrographie sehen können.

Welcher ORF übersetzt wird
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