Welcher Test ist anzuwenden, um genomische Selektionssignaturen zu erkennen?

Ich möchte Sie um Ihre Vorschläge zur Auswahl eines Tests zur Erkennung von Selektionssignaturen im folgenden Mausmodell bitten:

Wir haben drei Gruppen: Tiere mit Merkmal A, Merkmal B und Kontrollen. Diese Tiere wurden in den letzten 4 Jahrzehnten selektiert (Kontrollen wurden zufällig verpaart und zeigen keines der Merkmale). Das sind insgesamt 170 Generationen (~4 Generationen pro Jahr).

Wir wollen die genomischen Signaturen der Selektion für Merkmal A und B erkennen.

Ich bin neu in der Populationsgenomik, aber laut diesem Artikel ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21218185 ), der einen Desitionsbaum zeigt (Abb. 1). Ich sollte einen Fst- und einen Linckage-Desequilibrium-Test anwenden, da die Zeitskala kurz wäre (40 Jahre, 170 Generationen) und es mehrere Populationen gibt.

Können Sie bestätigen, ob dies der richtige Ansatz ist?

Danke

Glauben Sie, Sie wissen, welche Loci das Merkmal beeinflussen? Was für Daten hast du? Es gibt verschiedene Ansätze. Hier , hier und da sind einige Papiere, die Ihnen helfen sollen.
Danke. Ich habe keine Ahnung, welche Loci das Merkmal beeinflussen. Das Ziel der Studie ist es, dies zu definieren. Wir werden eine Umsortierung vornehmen.
OK. Sie haben wirklich eine Reihe verschiedener vorhandener Algorithmen dafür. Ich bin hier nicht in der Lage, eine gute Liste und einen Vergleich dieser Algorithmen zu erstellen, aber die oben genannten Artikel sollten helfen. Eine andere Reihe von Fragen, die Sie sich stellen müssen, lautet: „Weiß ich, in welcher Umgebung die Individuen ausgewählt werden?“, „Kommen die Individuen über ein Kontinuum von Umweltgradienten oder treten sie in einer von zwei verschiedenen Umgebungen auf?“.
Ich hoffe, ich habe die Frage richtig gestellt: Die Mauslinien wurden in derselben Laboreinrichtung künstlich ausgewählt. Aus einer Gründerpopulation wurden Tiere nach Merkmal A oder B gruppiert. Innerhalb dieser Gruppen wurden Tiere über ~170 Generationen gepaart, um Inzucht zu vermeiden. Eine Kontrolllinie wurde gehalten, zufällig gepaart und zeigt keines der Merkmale.
Wo ist das Auswahlverfahren? Nur die Trennung nach ihrem Merkmalswert?
Ja, sie wurden nach ihrem Eigenschaftswert getrennt. Merkmal A und B nahmen über die ~170 Generationen stetig zu.

Antworten (1)

Ich gehe in dieser Antwort davon aus, dass Sie keine Informationen darüber haben, welche Umgebung den Selektionsdruck beeinflusst, sodass Methoden wie Bayenv2 nicht verwendet werden können.

Die Standardalgorithmen sind:

  • Lewontin-Krakauer-Test
  • fdist
  • BayeScan
  • FLK
  • PCAdapt

Whitlock und Lotterhos 2014 zeigten, dass FLK und Bayenv2 meistens besser abschneiden als die drei anderen. Eine Reihe von Artikeln (Meirmans 2012, Bierne et al. 2013, De Mita et al. 2013 und Fourcade et al. 2013) haben auch gezeigt, dass fdist und BayeScan unter einer hohen Falsch-Positiv-Rate leiden. Ich würde daher empfehlen, mit FLK zu gehen , aber ich bin wahrscheinlich nicht gut genug, um sehr gute Ratschläge zu geben.

Beachten Sie, dass Sie ein wenig darüber lernen sollten, wie diese Algorithmen funktionieren und sie nicht blind verwenden.

Welcher Test ist anzuwenden, um genomische Selektionssignaturen zu erkennen?
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