Erste genetische Distanz: Autosomal vs. mtDNA

Ja du hast Recht.

$F_{ST}$kann zwischen spezifischen betrachteten genetischen Regionen variieren. Wenn es beispielsweise einen starken Zustrom von Weibchen von Population A zu Population B gibt, dann würden die mtDNA und das X-Chromosom (ohne die pseudo-autosomale Region) viel kleiner erscheinen$F_{ST}$zwischen den beiden Populationen als das Y-Chromosom.

Viele andere nicht-demografische Prozesse können sich auswirken$F_{ST}$. Hintergrundselektion ( Charlesworth et al., 1993 ; Matthey-Doret und Whitlock, BioRKiv, 2018 ), selektiver Sweep (z. B. Chen et al., 2010 ), heterozygote Benachteiligung ( Ingvarsson und Whitlock, 2000 ), negative Epistase und andere Prozesse können sich auswirken$F_{ST}$sowie und verursachen$F_{ST}$zwischen genetischen Regionen zu unterscheiden. Sogar Mutationsratenvariationen ( Whitlock und McCauley, 2001 ) können sich auswirken$F_{ST}$(wenn die Mutationsrate für die betrachteten Loci nicht lächerlich klein im Vergleich zur Migrationsrate ist).

Für eine Einführung in die gängigen Missverständnisse darüber, wie$F_{ST}$Werke, Whitlock und McCauley (2001) ist ein Muss!

Nur um diese Antwort zu vervollständigen, wäre Fst, berechnet aus autosomalen SNPs, vollständig repräsentativ für die genetische Distanz zwischen zwei Populationen? Sagen Sie für den Zustrom von Weibchen von A nach B, wird die autosomale Fst korrekt zeigen, dass die beigemischte Population zwischen A und B liegt (abhängig vom Mischungsverhältnis)?

Die Schwierigkeit liegt hier in den Formulierungen fully representative of the genetic distanceund correctly show. Es gibt keine korrekte (wahre) genetische Distanz zwischen Populationen, es gibt nur die Statistik der genetischen Distanz, die man definieren möchte, und diese Statistik wird von verschiedenen Prozessen beeinflusst.

Würde sich ein Zuzug von Frauen unter den Populationen auswirken$F_{ST}$an autosomalen Loci? Ja. Wäre dieser Effekt derselbe wie bei mtDNA? Nicht genau, nein. Ist die gesamte Analyse der genetischen Variation in der Bevölkerung dargestellt durch$F_{ST}$? NEIN,$F_{ST}$ist nur eine zusammenfassende Statistik (genau wie ein Mittelwert oder eine Varianz).

Wenn es eine bestimmte Statistik gibt (z. B. die effektive Migrationsrate, die effektive Bevölkerungsgröße oder die Position von Orten, die an der lokalen Anpassung beteiligt sind), die Sie daraus abzuleiten versuchen$F_{ST}$Berechnungen, dann sollten Sie vielleicht fragen, ob Rechnen$F_{ST}$durch eine bestimmte Methode würde es Ihnen ermöglichen, einen guten Rückschluss auf eine bestimmte interessierende Statistik zu ziehen.