Wenn ein bestimmtes DNA-Oligo ein Aptamer ist, ist das entsprechende RNA-Oligo mit derselben Sequenz dann auch ein Aptamer?

Die Funktionalität von Aptameren hängt von der Sequenz und Sekundärstruktur des Oligos ab. Wenn ich also ein DNA-Aptamer nehme und ein RNA-Oligo der gleichen Sequenz herstelle (T offensichtlich durch U ersetzt), wird dieses RNA-Oligo dann auch als Aptamer wirken?

Antworten (1)

Es gibt mindestens einen bekannten Fall, in dem sowohl die DNA- als auch die RNA-Versionen derselben Aptamersequenz dasselbe Ziel binden ( Lauhon und Szostak, 1995 ).

Aber man kann das nicht verallgemeinern, es gibt zwei Strukturunterschiede zwischen RNA und DNA, die Uracil/Thymin-Änderung und das fehlende 2'-OH in der DNA. Diese Unterschiede können die Bindung und die Gesamtstruktur des Aptamers beeinflussen.

Es ist möglich, dass die RNA-Version eines DNA-Aptamers denselben Liganden bindet, aber das wird nicht immer der Fall sein.

Aber spielt das Rückgrat wirklich eine Rolle bei der Ligandenbindung für das Aptamer? Ich meine, wenn das Rückgrat eine Rolle gespielt hätte, wären Aptamer-Sequenzen nicht so spezifisch gewesen, wie sie es sind, da jedes Oligo das gleiche Rückgrat hat und daher zumindest eine gewisse Affinität für einen bestimmten Aptamer-Liganden gehabt hätte.
@ Kunal24 Nicht nur das Rückgrat, die Tertiärstruktur variiert zwischen ssRNA und ssDNA mit derselben Sequenz. Die Tertiärstruktur ist entscheidend für die Aptamerfunktion.
@WYSIWYG: Oh, mir war nicht bewusst, dass die Tertiärstruktur von ssDNA und ssDNA unterschiedlich ist. Könnten Sie bitte einige informative Quellen dafür zitieren? Vielen Dank!
@ Kunal24 das ist vielleicht eine Frage für sich; kann nicht alle Referenzen in Kommentaren zitieren. Die Backbone-Flexibilität (Suchpersistenzlänge) ist unterschiedlich. RNA bildet auch GU-Wobbles. Für Wackeln können Sie meine Antwort hier sehen .
Wenn ein bestimmtes DNA-Oligo ein Aptamer ist, ist das entsprechende RNA-Oligo mit derselben Sequenz dann auch ein Aptamer?
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