Ich schreibe eine Arbeit und möchte auf die ursprüngliche Arbeit verweisen, die den Begriff dN/dS (oder Ka/Ks für diese Angelegenheit) geprägt hat. Ich habe frühe Arbeiten zu dN und dS gefunden (wie Miyata und Yasunaga 1980 ), kann aber nicht die erste Arbeit finden, die das Verhältnis dN/dS verwendete. Weiß jemand, welches Papier am besten ist, um dN/dS zu zitieren?
Bearbeiten: dN ist die Rate nicht-synonymer Substitutionen pro nicht-synonymer Site; dS ist die Rate synonymer Substitutionen pro synonymer Site. dN/dS ist einfach das Verhältnis zwischen dN und dS.
Referenz: Miyata, T., & Yasunaga, T. (1980). Molekulare Evolution von mRNA: Ein Verfahren zur Abschätzung der Evolutionsraten synonymer und Aminosäuresubstitutionen von homologen Nukleotidsequenzen und seine Anwendung. Journal of Molecular Evolution, 16(1), 23–36. https://doi.org/10.1007/BF01732067
In dem von Ihnen zitierten Artikel sehen wir, dass K A und K S von den Autoren definiert wurden.
Der direkte Vergleich zwischen einem Paar bekannter Nukleotidsequenzen in codierenden Regionen erlaubt es uns, sowohl die Nukleotidunterschiede pro Stelle, die durch Nukleotidsubstitutionen verursacht werden, die zu Aminosäureänderungen K A führen, als auch diejenigen, die zu synonymen Änderungen K S führen , gleichzeitig zu bewerten.
Im selben Jahr veröffentlichte Motoo Kimura A Simple Method for Estimating Evolutionary Rates of Base Substitutions Through Comparative Studies of Nucleotide Sequences , in dem er ähnliche Begriffe k' (nuc)S und k (nuc)A ableitet .
Wenn wir k' (nuc)S anstelle von k S ' schreiben, um zu betonen, dass sich dies auf die Rate pro Nukleotidstelle bezieht, erhalten wir unter Verwendung von Gl. 14, die folgende Formel.
Die entsprechende Formel für Aminosäure-verändernde Substitutionen kann erhalten werden durch
Der Grund, warum keine Veröffentlichung die andere zitiert, liegt darin, dass sie in derselben Ausgabe des Journal of Molecular Evolution erschienen sind . Basierend auf den umfangreichen Querzitaten zwischen diesen Autoren sowie einigen Koautorenschaften ist es wahrscheinlich, dass die Entwicklung der K A - und K S -Metriken gleichzeitig, wenn nicht sogar in Zusammenarbeit erfolgte.
Dr. H. Lecter