Wie korreliert sind proximal verwandte CpG-Stellen in menschlicher DNA?

Cytosinreste in DNA, die methyliert werden können (dh CpG-Stellen), befinden sich wahrscheinlich im selben Methylierungszustand, wenn sie geografisch (proximal) nahe beieinander liegen.

Ich kann nur ein Papier finden, das dies empirisch feststellt (1), dass 90 % der CpG-Stellen innerhalb von 50 bp voneinander im gleichen Methylierungszustand sind - siehe Grafik unten.

Zusammenhang zwischen Methylierungsstatus und geografischer Nähe

Allerdings ist diese Studie mittlerweile ziemlich veraltet (zumindest auf dem Gebiet der Epigenetik) und sehr allgemein gehalten.

Ich würde gerne wissen, ob CpGs in verschiedenen Regionen des Genoms mehr/weniger wahrscheinlich korreliert sind als in anderen Regionen (z. B. Exons vs. Promotorregionen). Interessant wäre auch zu wissen, ob sich die Korrelationen mit dem Alter ändern und ob dies mit Krankheitsprozessen zusammenhängt?

Danke für die Eingabe.

  1. Eckhardt, et al., 2006. Naturgenetik. doi: 2010.1038/ng1909

Antworten (1)

Ich muss mich verabschieden, also kann ich heute keine tiefgreifende Antwort geben, aber das läuft im Grunde auf das Konzept der CpG-Inseln hinaus. Ungefähr 70-80 % der CpGs sind beim Menschen methyliert. Wenn sie also zufällig über das Genom verstreut wären, besteht bereits eine ziemlich hohe Wahrscheinlichkeit, dass CpGs in der Nähe denselben Zustand aufweisen. Aufgrund von CpG-Inseln werden CpGs mit ähnlichem Zustand jedoch tatsächlich zusammengruppiert, abhängig von der Promotoraktivität (um die Dinge etwas zu vereinfachen).

Wenn Sie jedoch nach Artikeln suchen, die Ihren Artikel zitieren , wird eine Fülle nützlicher Referenzen angezeigt. Dieser böse Junge hat insbesondere eine praktische Figur 1, die die gesamte Landschaft darstellt. Vielleicht ist das zu weit gefasst, aber im Allgemeinen häufen sich ähnliche Methylierungsmuster an; andernfalls gäbe es so etwas wie ein Methylierungsmuster nicht! Dieses Papier hat eine ordentliche Abbildung, die alles gut zusammenfasst:

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Grundsätzlich ist es normalerweise eine hohe oder niedrige Methylierung; selten gibt es etwas dazwischen. Es gibt noch viel mehr darin, also würde ich empfehlen, einige davon durchzugehen; Ich werde versuchen, später darauf zurückzukommen.

Wie korreliert sind proximal verwandte CpG-Stellen in menschlicher DNA?
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