Was verursacht schiefe Bahnen in einem DNA-Gelelektrophorese-Experiment?

Dies sind Sequenziergele (in den Fällen hier sogar radioaktive) - sie laufen viel länger als gewöhnliche Agarosegele und sie bestehen aus Polyacrylamid. Meiner Erfahrung nach sind Proben, die noch zu viele Salze aus den PCR-Reaktionen enthalten, die wahrscheinlichste Ursache für das Verzerren von Bahnen (nicht nur Banden). Dies kann auch nur wenigen Bands passieren, wie hier zu sehen ist. Insgesamt sind dies immer noch ziemlich schöne und saubere Gele, ich habe schon viel schlimmeres gesehen.

Andere Gründe, die ungleichmäßige Gele verursachen, sind Fälle, in denen das Acrylamid nicht gut genug gemischt ist (was dazu führt, dass das Gel eine unterschiedliche Konzentration aufweist und somit unterschiedliche Laufbedingungen verursacht), ungleichmäßige Erwärmung (obwohl dies normalerweise durch das Gelheizsystem verhindert wurde) und undichte Gele wo das elektrische Feld war nicht ganz gleichmäßig.

Der Vorschlag von @ Chris ist sehr gut möglich, hohes Salz zeigt dies charakteristischerweise gegen Ende des Gels. Aber es gibt weitere Verdächtige. Das sieht aus, als wäre es nur ein Agarose-Gel, richtig? Ich habe ein paar Dinge gesehen, die dies verursachen, darunter das Gel, das nicht eben ist, das Gel sich während des Laufs verschiebt, der Prozentsatz der Agarose, der nicht gleichmäßig ist, und die Temperatur, die gegen Ende ansteigt. Wenn Sie es erneut tun, behalten Sie Ihre Stromstärke während der zweiten Stunde oder so im Auge.

Versuchen Sie jedoch zuerst, eine schnelle PCR-Reinigung auf einer Säule durchzuführen (stellen Sie sicher, dass Sie eine erhalten, die Ihre kleineren Fragmente nicht verliert) oder alternativ reinigt eine Phenolextraktion gefolgt von einer ETOH-Präzipitation Ihre Reaktion; und die Macht wird mit dir sein.