Was ist CpG-Abdeckung? DNA-Ausgangsmaterial?

unter Bezugnahme auf dieses Zitat aus einem Artikel über die Vorhersage von Methylierungszuständen:

"Aufgrund der geringen Mengen an genomischem DNA-Ausgangsmaterial pro Zelle sind Einzelzell-Methylierungsanalysen durch eine moderate CpG-Abdeckung intrinsisch begrenzt."

kannst du es mir bitte erklären?

Was genau ist Ausgangsmaterial? und warum ist es klein pro Zelle?

Bitte versuchen Sie, die Bedeutung gebräuchlicher englischer wissenschaftlicher Redewendungen durch eine Internetsuche zu finden. Und denken Sie darüber nach, wie groß eine einzelne Zelle ist und wie viel DNA darin enthalten wäre.
Kannst du bitte auf das Dokument verlinken, aus dem du zitierst? Ohne Kontext klingt es ziemlich schwierig, diesen Satz zu interpretieren.

Antworten (1)

Der Vergleich, den die Autoren anstellen, bezieht sich auf Massen- und Einzelzellsequenzierung. Derzeit wird die Einzelzellsequenzierung immer beliebter, da sie viel feinkörnigere Analysen des biologischen Ausdrucks ermöglicht. Beispielsweise können Tumorsubpopulationen bestimmt werden.

Bei der Einzelzellanalyse geht jedoch viel genomisches Material verloren, was dazu führt, dass die resultierenden Maße (meistens Expression) für jede Zelle sehr minimale und spärliche Werte aufweisen.

Daher ist das Ausgangsmaterial einfach die DNA in jeder Zelle, die durch den Einzelzellprozess begrenzt ist.

Sie schreiben "Ausgangsmaterial ist einfach die RNA in jeder Zelle". Vielleicht können Sie erklären, wie Sie die DNA-Methylierung ausgehend von der RNA messen können. Das Poster zitiert tatsächlich, was das Ausgangsmaterial ist: "genomische DNA", scheint aber mit dem englischen Ausdruck "Ausgangsmaterial" nicht vertraut zu sein. Was die „CpG-Abdeckung“ betrifft, scheinen sowohl seine wissenschaftlichen Kenntnisse als auch sein Englisch mangelhaft zu sein. Aber Sie ignorieren diesen Teil seiner Frage.
Ich kenne die englische Bedeutung der Worte "Ausgangsmaterial". Meine Frage: Was ist das für ein Ausgangsmaterial? und warum ist es nicht genug?
Ist die CpG-Abdeckung insbesondere die Anzahl/der Prozentsatz der CG-Standorte, die von der Sequenzierung abgedeckt werden? oder es ist etwas im Zusammenhang mit Methylierung?
CpG-Abdeckung ist ein allgemeiner Begriff, aber wenn man ihn als Anteil der methylierten CpG-Stellen an der Gesamtzahl der CpG-Stellen betrachtet, ist das richtig. Um die Anzahl der CpG-Stellen zu erhalten, muss eine genaue Sequenzierung des Genoms durchgeführt werden. Wie ich zu erklären versuchte, begrenzt die Einzelzellmethode die Menge an DNA (die Antwort wurde als richtig bearbeitet), die sequenziert werden kann, und daher ist die Anzahl der CpG-Stellen nicht gut bekannt, ebenso wie die CpG-Abdeckung.
Auch die Frage lautet: "Was ist genau Ausgangsmaterial? und warum ist es klein pro Zelle?" nichts über CpG, daher habe ich keine Antwort über CpG eingefügt.
Was ist CpG-Abdeckung? DNA-Ausgangsmaterial?
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