Ich bereite ein Experiment vor und ich fand als die großartige Möglichkeit, meine PCR-Produkte zu sequenzieren. Ich finde die Kosten: Bibliotheksvorbereitung 655 Dollar + Sequenzierung 435 Dollar. Es scheint sehr niedrig. Haben Sie Erfahrung, wie viel Probe ich in einem Lauf sequenzieren kann (bei Abdeckung etwa 30) und ob es wirklich für diesen Preis ist?
Ob es eine gute Idee ist, PacBio zu verwenden, hängt stark davon ab, was Sie sequenzieren und was Sie mit den erhaltenen Daten tun möchten. Kurz gesagt: Sie erhalten längere Lesevorgänge, aber etwa 15 % Fehler pro Base. Das bedeutet, dass Sie mit diesen Fehlern fertig werden müssen, es gibt Möglichkeiten, dies zu tun. Wie viel Abdeckung Sie von Ihrem Sample erhalten, kann ich Ihnen nicht sagen, da ich nicht weiß, welche Art von Sample Sie sequenzieren möchten.
Wie viele Daten Sie aus einer SMRTcell herausholen, hängt auch von der Chemie ab, ich denke, es liegt derzeit zwischen 275 Mb und 375 Mb, je nach Chemie. Sie haben eine schöne Broschüre, die Sie sich ansehen können.
Auf jeden Fall müssen Sie sich wahrscheinlich von einem Bioinformatiker Ihrer Wahl beraten lassen, wie Sie Ihr Sequenzierungsexperiment entwerfen und analysieren.
tatiana.aghova
skymningen