Wie quantifizieren Biologen „Gen-Expression“ in Experimenten?

Ich habe Artikel gelesen, die Aussagen enthalten wie „Die Kontrolle der Genexpression ist entscheidend für biologische Prozesse“.

Wie genau quantifiziert man "Genexpression"? Ist Genexpression nicht ein Oberbegriff, der den gesamten Mechanismus beschreibt, durch den DNA zum Phänotyp eines Organismus synthetisiert wird?

wahrscheinlich mit SDS-Seiten. Davon gehe ich zumindest aus. Und durch den Vergleich einer Seite mit der anderen von einem anderen zB Anlagenteil. Oft wird dies auch unter Verwendung von GFP-Proteinen oder anderen markierten Proteinen und deren Quantifizierung mit Mikroskopen ... Westernblots oder einfach das Material zu definierten Zeitpunkten färben (was das Material höchstwahrscheinlich töten wird, aber auch einen Einblick gibt) ... ist es so etwas wie das, was Sie fragen? Die Methoden?
@TheGreenOne Ja, die Methoden und die quantifizierbaren Merkmale, die sie verwendet haben (von, sagen wir, Phänotypen oder vielleicht etwas im Zusammenhang mit mRNA), um dies zu messen. Die Frage ist etwas allgemein, ich weiß.
Die Genexpression beinhaltet die RNA-Synthese (oder Transkription), NICHT die DNA-Synthese. Das Studium der DNA-Synthese wird normalerweise als DNA-Replikation bezeichnet.
Es gibt mehrere Techniken. Mögliches Duplikat von biology.stackexchange.com/q/8153/3340

Antworten (2)

Das primäre Produkt von proteinkodierenden Genen sind mRNAs. Wenn wir über die Messung der Genexpression sprechen, wollen wir die Steady-State-Spiegel einer bestimmten mRNA innerhalb einer Zelle untersuchen. Dies wird normalerweise erreicht, indem mit einer großen Anzahl von Zellen begonnen wird und alle mRNAs aus allen Zellen geerntet werden. Eine Möglichkeit, das Expressionsniveau nur der mRNA eines Gens zu messen, ist die Durchführung eines Northern Blots. Andere empfindliche Methoden umfassen: einen S1-Nuklease-Schutzassay, einen RNAse-Schutzassay und einen Primerverlängerungsassay.

Mikroarrays wurden auch ausgiebig verwendet, um die Expressionsniveaus von Tausenden von Genen gleichzeitig in einem einzigen Experiment zu messen.

Mit dem Aufkommen der RNA-Seq-Methodik ist es möglich, die Anzahl der Transkripte in einem Experiment zu zählen (wenn Sie ein sequenziertes Referenzgenom haben).

Nach Daten der nächsten Generation:

Ich habe nie direkt mit mRNA gearbeitet, aber was ich von dem Bioinformatiker bekommen habe, war ungefähr so: Sie extrahieren Ihre mRNA, sequenzieren sie, filtern sie nach Qualität und Länge, bauen sie zusammen und haben dann so etwas wie "Transkripte". Diejenigen, die Sie zählen: xy von Transkript1 & yx von Transkript2. Sie suchen weiter nach Isoformen und am Ende korrigieren Sie diese Zählungen gemäß den von Ihnen berechneten anfänglichen Reads. Wenn Sie die Transkripte mit einer Kontrolle vergleichen, können Sie messen, ob sie hoch- oder herunterreguliert ist (setzen Sie die Reads der Kontrolle auf "Null", da 1234 Reads eines Transkripts normal sind ... in Probe 2 haben Sie 5000 Reads dieses Transkripts.. . das Gen scheint hochreguliert zu sein). Soweit ich weiß, ist dies ungefähr die Art und Weise, wie Annäherungen / Quantifizierungen der Genexpression vorgenommen werden.

Wie quantifizieren Biologen „Gen-Expression“ in Experimenten?
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