In Bezug auf den Wnt- Weg in KEGG enthält die KGML- Datei dieses Wegs eine Beschreibung jeder Interaktion zwischen einem Paar von Genen. Diese Interaktionen werden in der Form bezeichnet:
entry1="46" entry2="41" type="PPrel" subtype name="inhibition" value="--|"/ subtype name="phosphorylation" value="+p"/
Bei einigen Einträgen sind die Einträge für den "Untertyp" der Reaktion 2 an der Zahl, während es bei einigen nur einer ist, wie bei der oben erwähnten Wechselwirkung. Ein weiterer Eintrag lautet wie folgt:
entry1="47" entry2="46" type="PPrel" subtype name="phosphorylation" value="+p"/ relation
Warum haben einige der Einträge 2 Interaktionstypen, während andere nur einen haben? Was bedeutet das biologisch?
Es gibt einen Interaktionstyp namens "compound". Was bedeutet eine zusammengesetzte Wechselwirkung biologisch?
<relation entry1="17" entry2="16" type="PPrel"> <subtype name="compound" value="4"/> </relation>
Siehe Handbuch :
PPrel bedeutet in jedem dieser Begriffe Protein-Protein-Interaktion, also wollen wir uns diesen annähern, indem wir darüber nachdenken, was die Proteinprodukte dieser Gene miteinander tun können.
Für das erste und zweite Beispiel geben die Untertypen mehr Informationen über die Interaktion. Sie schließen sich nicht unbedingt gegenseitig aus. Beispielsweise kann die Phosphorylierung zu einer Aktivierung, Hemmung, etwas anderem oder Unbekanntem führen. Für den ersten gibt es eine Phosphorylierung und die Wirkung ist eine Hemmung. Für die zweite ist die Wechselwirkung Phosphorylierung, aber die Wirkung ist nicht charakterisiert.
Wenn sich die Verbindung unter dem Subtyp für eine PPrel-Beziehung befindet, ist der Wert die Eintragselement-ID für die Verbindung (suchen Sie also nach Eintragselement 4) und bezieht sich auf ein Zwischenprodukt zweier interagierender Proteine.
De Novo
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