Die Bedeutung des "Score" in ScanProsite
Benutzer26290
Ich recherchiere etwas über ein Protein, das sequenziert ist, bin jedoch nicht in der Lage, Informationen über die Punktzahl zu finden, die der ProSite-Scan nach dem Auffinden eines möglichen Domänenprofils anzeigt. Ich habe die Prosite-Hilfe gelesen , aber es gibt nichts, was erklärt, was die Punktzahl bedeutet.
Antworten (1)
Michael_A
Die Punktzahl gibt an, wie gut ein bestimmtes Profil (das eine Gewichtsmatrix ist) mit dem Profil für die Domäne übereinstimmt. Abschnitt II.B. Die Profilentwicklung erklärt dies ausführlicher.
Ein Papier, das die Entwicklung von PROSITE skizziert, stellt fest, dass sie hauptsächlich einen Cut-off von 8,5 verwenden, und erklärt die Punktzahl so;
Die Rohwerte in PROSITE-Profilen werden in sogenannte „log10-per-Rest-E-Werte“ umgewandelt, die die Berechnung der Anzahl der erwarteten Übereinstimmungen mit gleicher oder höherer Punktzahl in einer Datenbank einer bestimmten Größe ermöglichen. Beispielsweise wird erwartet, dass eine Übereinstimmung mit einer normalisierten Punktzahl von 9,0 oder höher in einer Datenbank mit einer Milliarde Rückständen etwa einmal auftritt .
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Benutzer26290
Michael_A