Ich habe einen Artikel in Nature gelesen: Epigenomics: Roadmap for Regulation und war verwirrt von der Definition und/oder Interpretation von Enhancern.
Enhancer werden durch Wechselwirkungen mit Transkriptionsfaktoren aktiviert, die spezifische DNA-Sequenzen innerhalb der Enhancer-Region erkennen und daran binden. Gebundene Transkriptionsfaktoren rekrutieren Co-Regulatoren, von denen viele Modifikationen an Histonen ablagern oder entfernen. […] Enhancer, die in zelltypspezifischen epigenomischen Signaturen aktiv sind, sind typischerweise stark angereichert an DNA-Sequenzen, an die abstammungsbestimmende und signalabhängige Transkriptionsfaktoren binden.
Soweit ich weiß, sind Enhancer die DNA-Sequenzen, an die TFs binden, und dann bindet alles, einschließlich Co-Aktivator-Komplexe, an basale TFs auf dem Promotor.
Mich verwirrt die letzte Zeile:
Enhancer, die in zelltypspezifischen epigenomischen Signaturen aktiv sind, sind typischerweise stark angereichert in DNA-Sequenzen, an die abstammungsbestimmende und signalabhängige Transkriptionsfaktoren binden.
Sie stellen fest, dass in DNA-Sequenzen, an die TFs binden, die aktiven Enhancer stark angereichert sind. Für mich klingt es seltsam, weil die Definition von Enhancern besagt, dass dies die DNA-Sequenzen sind, an die TFs binden. Und natürlich werden dort Enhancer angereichert, weil sie sonst nicht Enhancer heißen würden. Was mich betrifft, versuchen sie zu sagen, dass aktive Enhancer (per Definition TFs binden an sie) in der Enhancer-Region, an die TFs binden, stark angereichert sind.
Ist es sinnvoll oder nicht?
Sie haben auf den Punkt gebracht, was Enhancer sind (Kanadier geben auch eine gute Erklärung, ohne die Frage meiner Meinung nach zu beantworten).
Um die Aussage des Autors zu verstehen, müssen Sie zunächst Folgendes wissen:
Linienspezifische und signalabhängige Transkriptionsfaktoren sind spezifische Klassen von Transkriptionsfaktoren. Das sind TFs, die externe Signale zur Aktivierung benötigen.
Alle Enhancer sind nicht immer zugänglich. Dies hängt von den epigenetischen Markierungen und der anschließenden Histone-Bindung um diese Regionen ab. Befindet sich beispielsweise ein Enhancer in einer Region mit dicht gepackter DNA (dh Heterochromatin), bindet er keine TFs und ist daher nicht aktiv.
Was die Autoren zu vermitteln versuchten, ist meiner Meinung nach, dass aktive Enhancer hochgradig angereichert sind an DNA-Sequenzen, die spezifisch für signalabhängige TFs sind. Anders ausgedrückt ergibt sich die Identität der Zelle aus einer Kombination von 1) epigenetischer Regulation der Genexpression über a) ein bestimmtes Muster aktiver Enhancer und b) Chromatinstatus von Genen in Verbindung mit 2) signalabhängigen Transkriptionsfaktoren.
Zusammenfassend bedeutet dies, dass die Zellidentität nicht nur durch signalabhängige TFs, sondern auch durch das aktive Enhancer-Muster beschrieben wird . Und dies impliziert daher, dass man in der Lage sein könnte , TFs vorherzusagen, die zur Bestimmung der Identität einer bestimmten Zelle erforderlich sind, wie im nächsten Satz angegeben:
Daher stellt die Beschreibung des aktiven Enhancer-Repertoires einer bestimmten Zelle ein leistungsfähiges Mittel zur Vorhersage der Transkriptionsfaktoren bereit, die für die Identität dieser Zelle erforderlich sind.
Ich hoffe das hilft.
Enhancer ist nur ein Begriff für eine regulatorische Region, die von einem Gen entfernt ist und spezifische Stellen enthält, an denen Transkriptionsfaktoren binden. Zufälligerweise kann ein einzelner Enhancer DNA-Bindungsstellen für mehrere Transkriptionsfaktoren enthalten.
Zum Beispiel hat ein Enhancer namens TESCO, der ein Gen namens SOX9 (das an der Geschlechtsbestimmung beteiligt ist) reguliert, Bindungsstellen für viele verschiedene Proteine (bestätigt oder mutmaßlich): SRY, SF1, SOX9, ESR1, FOXL2 und wahrscheinlich viele mehr, die ich habe. nicht gehört. Dies ermöglicht eine komplexe Regulierung von SOX9 durch Protein-Protein-Wechselwirkungen.