Kernrezeptoren können die Transkription weit stromaufwärts oder stromabwärts von ihren eigenen Bindungsstellen beeinflussen, indem sie DNA-Schleifen bilden ( Rubina et al.; J Mol Bio 2004 ).
Ich bin mir nicht sicher, wie genau die Rezeptoren zuerst an die DNA binden (Dimere zuerst an jeder Stelle oder der gesamte Komplex an einer Stelle), aber auf jeden Fall müssen sie sich an ein Antwortelement binden, dann die DNA schleifen und das andere binden Antwortelement. Es scheint etwas zu sein, das offensichtlich sein sollte, aber ich kann nicht aufhören, mich zu fragen: Wie lokalisieren die Rezeptoren die andere Stelle?
Normalerweise würde ich einfach sagen: Diffusion – das passiert einfach zufällig. Aber ich kann mir vorstellen, dass ein solches Biegen der DNA viel Energie erfordern würde; zu viel, um es einfach wahllos zu verschwenden und zu versuchen, eine andere Seite zu finden.
Dies ist wahrscheinlich nicht die vollständige Antwort, da ich nicht so viel über eukaryotische Transkription weiß, aber vielleicht kann ich mit der Antwort beginnen.
Zunächst einmal kann die DNA-Krümmung sequenzabhängig sein – die Doppelhelix ist nicht intrinsisch gerade . DNA ist auch ziemlich leicht zu biegen - sie verbringt die meiste Zeit ziemlich leicht um Histone und Eukaryoten gewickelt, supercoiled in Chromatin .
Bei der Transkription kommen jedoch Proteine hinzu, die Biegungen in der DNA oder sogar enge Schleifen bewirken , sodass der Transkriptionsinitiationskomplex (TIC) durch Transkriptionsfaktoren (TFs) stromaufwärts aktiviert werden kann, wenn die DNA umkippt.
Sehen Sie, wie dies in diesem Video bei etwa :40 geschieht: http://www.youtube.com/watch?v=5MfSYnItYvg&feature=related
Ich denke, in einigen Fällen könnten andere Proteine stromaufwärts des TIC gebunden sein, um den Einfluss verschiedener TFs größer zu machen. Ich weiß, dass bei stark regulierten Genen (wie Entwicklungsgenen bei Tieren) die Transkriptionsregulation mit viel interner Logik unglaublich kompliziert sein kann. Das klassische Beispiel ist ENDO16 aus Seeigel (siehe zweites Bild), dem zahlreiche Proteinbindungsstellen vorgelagert sind.
Mir wurde gesagt, dass DNA-bindende Proteine ihre Bindungsstellen schneller finden als durch Diffusion. Die Professorin sagte mir, dass sie dachte, dass es aufgrund ihrer Ladung eine Tendenz geben könnte, entlang der Länge der DNA zu diffundieren. Ich habe keine Referenz dafür, aber es könnte helfen, Ihre Frage zu beantworten, wie sich die NRs so schnell paaren.
Gianpaolo R