Frage zu einer Escherichia coli-Reaktion

In Bezug auf diesen Link
http://www.biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=REACTION&object=RXN-14479
Hier wird das Enzym erwähnt und die beiden reagierenden Verbindungen. Jetzt ist meine Frage
1. Wenn diese beiden Verbindungen reagieren, werden sie vor der Reaktion zunächst an das Enzym gebunden?
2. Wenn diese beiden Verbindungen an das Enzym gebunden werden, wie nennt man eine solche Wechselwirkung? Interaktion von Proteinverbindungen??

Antworten (1)

Soweit ich das beurteilen kann, verwendet die Enterochelin-Esterase (Fes) eine Alpha/Beta-Hydrolasefaltung , um ihre Reaktionen zu katalysieren, was bedeutet, dass es eine Triade von katalytischen Aminosäureseitenketten gibt. Wo sich Fes von anderen Proteinen im Weg unterscheidet, ist eine aminoterminale Deckeldomäne, die den Substraten von Fes Spezifität verleiht ( (1) schreibt vor, dass dies eine tiefe Tasche im Protein bildet). Ich habe Probleme, die genauen katalytischen Aminosäuren zu finden, aber die Homologiemodellierung zwischen IroE und Fes aus derselben Quelle zeigt, dass dies möglicherweise eine Triade aus Glu, His und Ser ist. Wenn wir uns vorstellen, wie der Mechanismus einer katalytischen Triade aussieht, und das folgende Bild eine generische katalytische Lipase/Esterase-Stelle ist,

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Zwischen dem Zielmolekül und dem Serin bildet sich eine Art Übergangszustand aus, in dem das Wasser mit Hilfe von Asp/Glu und Histidin reagiert, um die Hydrolyse zu katalysieren. Man würde es einfach Protein-Ligand-Wechselwirkungen nennen.

Okay, jetzt habe ich diesen Artikel in Wikipedia gefunden: en.wikipedia.org/wiki/Ligand , dieser hat eine Liste von Liganden ... aber die von mir bereitgestellte Reaktion enthält nicht die Liste der Liganden, wie in Wikipedia erwähnt, wie ist es dann? wird als Protein-Ligand-Wechselwirkung bezeichnet? Liegt es daran, dass die Verbindung eine Ligandengruppe enthalten kann, die an das Protein bindet, weshalb Sie es Proteinligandenbindung genannt haben?
In der Biochemie bezeichnen wir den Liganden als alles, was mit dem Protein einen Komplex bildet. Dazu gehören Inhibitoren, Substrate usw. Der Ligand, der an das aktive Zentrum des Proteins bindet, ist sein Substrat , und die folgende Wikipedia -Seite erläutert Liganden aus biochemischer Sicht.
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