Gibt es eine Referenz für die Zusammensetzung viraler Genome?

Verzeihen Sie mir zunächst die schlecht geschriebene Frage.

Ich bin kein Biologe. Ich bin weder Arzt noch Virologe. Ich bin eigentlich Physiker und beschäftige mich schon lange mit dieser Frage.

Was ich versuche zu fragen, ist, ob es eine Art Textdatei oder eine Website (oder ein Buch) gibt, wo ich etwas über die "Zusammensetzung" von Viren lesen kann.

"Komposition" bedeutet so viel wie

"Das ist das Rhinovirus, und seine genetische "Zusammensetzung" ist ACTGCT" (natürlich habe ich es gerade erfunden...).

Ich weiß nicht, wie ich mich mit guten Begriffen ausdrücken soll, weil ich mit diesem Bereich nicht vertraut bin. Sie können die Frage also gerne bearbeiten, wenn sie unklar erscheint.

Nochmals, was ich verlange, ist eine Art Datenbank genetischer Sequenzen über Viren und so weiter.

Vielen Dank im Voraus!

Antworten (1)

Das NCBI beherbergt eine Sammlung viraler Genome auf dem treffend benannten Viral Genomes-Portal. Sie haben derzeit 5921 virale Genome und wenn Sie zum vorherigen Link gehen, können Sie Sequenzen aus den wichtigsten viralen Familien durchsuchen.

Wenn Sie über eine Nukleinsäure- oder Aminosäuresequenz verfügen, kann diese hier anhand der NCBI-Sequenzen durchsucht werden .

Uniprot hat auch ein Annotationsprojekt für virale Proteinsequenzen , das sie als solches beschreiben;

Das Konzept dieser Website besteht darin, spezifisches Wissen für jede Virusfamilie mit viralen Protein- und Genomsequenzen zu verknüpfen. Alle verfügbaren Informationen werden in einem übersichtlichen und leicht zugänglichen Virus-Faktenblatt präsentiert, das mit der geordneten Liste der überprüften Einträge verknüpft ist. Der Standort deckt die gesamte bekannte Virosphäre ab. Der Datenbankbereich ermöglicht den Zugriff auf UniProtKB-Proteineinträge sowie auf spezifische Virologiedatenbanken.

Unsere Bemühungen richten sich derzeit auf virale Ontologie und Annotation von Referenzstämmen. Eine robuste Ontologie wird eine genauere Definition der Beteiligung jedes Proteins an viralen Replikationsschritten ermöglichen. Die Anmerkung zum Referenzstamm wird zum Maßstab für jede der 334 Gattungen.

Auf ihre Arbeit kann über uniprot.org oder über das Projektportal unter zugegriffen werden; http://viralzone.expasy.org/

Kein Problem. Uniprot oder NCBI liefern die Sequenzen als Flatfiles, aber die Leute, die die Viruszone zusammenstellen, machen einen tollen Job; Ihre verknüpften Cartoons verknüpfen Funktion mit Genen und taxonomischen Gruppierungen mit großer Klarheit.