Ist es möglich, nur die 16S-rRNA-Komponente zu sequenzieren? Wenn das so ist, wie?

In letzter Zeit wurden mehrere Artikel über die Verwendung von 16S-rRNA als Methode zur Identifizierung von Arten veröffentlicht ( hier und hier ). Ich frage mich, ob es möglich ist, entweder nur diese Untereinheit des Ribosoms oder nur die DNA-Sequenz zu sequenzieren, aus der es stammt (wahrscheinlich nicht, ich weiß). Auf diese Weise können Sie nur die Sequenz verwenden, die Sie zum Vergleich mit anderen 16S-rRNA-Sequenzen benötigen, um auf neue Arten zu testen.

Wenn ja, wie sieht der Prozess aus?

Vielleicht überlese ich Ihre Frage nur, aber warum denken Sie, dass die Sequenzierung von 16S komplizierter wäre als die Sequenzierung eines anderen Gens?
Nun, ich denke, die einfache Antwort lautet ja, und tatsächlich wird dies häufig getan.
@nico & bobthejoe Nun, ich bin mit dem Prozess der Sequenzierung von Genen nicht vertraut, daher habe ich keine Ahnung, wie es gemacht wird. Können Sie den Vorgang erläutern? Ich werde die Frage bearbeiten.
Sie sollten wahrscheinlich nur etwas über Kolonie-PCR lesen. das ist die einfachste methode...

Antworten (1)

Grundsätzlich sind alle 16S-Gene hoch konserviert, dh sie haben weitgehend identische Basen gemeinsam. Das bedeutet, dass man das 16S-Genstück (nachdem die DNA geschnitten wurde) an ein bestimmtes anderes DNA-Stück binden kann, selbst wenn man die 16S-Genbasen nicht genau kennt. Alles andere wird dann verworfen. Nun endlich wird der Rest mittels PCR amplifiziert und sequenziert. Nur 16S zu sequenzieren ist viel weniger Arbeit, also haben sie es vor Jahren so gemacht. Heute werden ganze Mikrobiome von professionellen Labors sequenziert.

Ist es möglich, sich das eigentliche rRNA-Molekül anzusehen und die Sequenz der rRNA zu erhalten, anstatt die DNA zu sequenzieren, die dafür kodiert?
Ich weiß nicht, aber ich denke, es wäre eine gute Frage. 8)
Ist es möglich, nur die 16S-rRNA-Komponente zu sequenzieren? Wenn das so ist, wie?
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