Ist „TATA-Signal“ gleichbedeutend mit „TATA-Box“?

In dem Text, den ich übersetze, habe ich ein Diagramm eines Ausdrucksvektors. Es hat viele Markierungen, und einer sagt "TATA-Signal". Ich habe gegoogelt und den Ausdruck " TATA-Box " gefunden.

Sind diese Ausdrücke vollständig synonym und austauschbar?

Aus Wikipedia :

Sie wird als Kernpromotorsequenz betrachtet und ist die Bindungsstelle entweder allgemeiner Transkriptionsfaktoren oder Histone (die Bindung eines Transkriptionsfaktors blockiert die Bindung eines Histons und umgekehrt) und ist am Prozess der Transkription durch RNA-Polymerase beteiligt.

Also dient "TATA-Box" im Grunde als Signal an die Transkriptionsmaschinerie, die sagt "Transcribe this"?

Befindet sich dieses TATA-Signal in der Abbildung sehr nahe an der Transkriptionsstartstelle?
@Chris - es befindet sich direkt vor dem Zielgen (das wir exprimieren möchten) und direkt nach dem GAPDH-Promotor. Ich bin mir nicht sicher, wo sich die Transkriptionsstartseite in diesem Diagramm befindet. Vielleicht ist der Beginn der Zielgensequenz die Transkriptionsstartstelle?
@Chris - aber es ist ziemlich weit vom Ursprung der Replikation entfernt
Der ori spielt hier keine Rolle - wenn er sich unmittelbar stromaufwärts befindet (etwa -25-35, wenn ich mich richtig erinnere), sollte es die TATA-Box sein.
@Chris - wenn sich der ORI unmittelbar stromaufwärts befindet? Oder wenn das TATA-Signal unmittelbar vor dem Zielgen liegt?
Ich vermute, dass Sie eine Art Expressionsplasmid haben, das Sie sich ansehen. Da spielt es keine Rolle, wo der Ori ist. Nur die Position der TATA-Box (oder des Signals) relativ zum TSS ist wichtig.

Antworten (2)

„Box“ ist ein archaischer Begriff aus längst vergangener Zeit. Es ist wenig benutzt. "Signal" hat es jetzt ersetzt. "TATA-Box" und "TATA-Signal" sind Synonyme.

Warum sagst du, es ist archaisch? Ich höre es häufig und es wird immer noch häufig in Veröffentlichungen verwendet.
Ich denke, Sie haben nicht Recht, dass die TATA-Box durch das TATA-Signal "ersetzt" wird. Suchen Sie schnell auf pubMed, und Sie werden feststellen, dass die neuesten Artikel immer noch "TATA-Box" verwenden. Hast du Quellen für deine Aussage?

Wahrscheinlich ist dies der Grund, warum sie es ein TATA-Signal anstelle einer TATA-Box nennen:

Die TATA-Box wurde ursprünglich als regulatorisches Signal stromaufwärts vieler proteinkodierender Gene identifiziert, die von der RNA-Polymerase II (Pol II) transkribiert werden. Einige tRNA- und 5S-RNA-Gene und die meisten RNA-Polymerase III (Pol III)-transkribierten Gene mit externen Promotoren besitzen jedoch auch TATA-Boxen -25-30 bp stromaufwärts der Transkriptionsstartstelle ( Artikel )

Dies ist ein ziemlich alter Artikel (1995), aber die Schlussfolgerung aus dem obigen Text, dass das Signal mehr/früher verwendet wird, um ein TATA boxes near protein-codingGen zu beschreiben, während TATA boxes are more general, so also for non-protein coding genes.

Ist „TATA-Signal“ gleichbedeutend mit „TATA-Box“?
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