Kann Pymol Cartoon (Sekundärstruktur) für eine PDB mit mehreren Frames anzeigen?

Ich verwende pymol, um die Sekundärstruktur von Proteinen anhand ihrer cartoonDarstellung zu visualisieren. Die pdbDatei stammt aus einer Simulation, die mehrere Frames enthält. Nach dem Laden des pdbkonnte dessen Sekundärstruktur (z. B. Blatt, Helix) nicht erkannt werden. Überraschenderweise konnte, wenn nur ein Rahmen beibehalten wurde, seine Sekundärstruktur gesehen werden. Wie aktiviert man also die Sekundärstrukturerkennung für eine pdbDatei mit mehreren Frames?

pdbUnten sehen Sie ein Beispiel für eine Datei mit mehreren Frames.

REMARK    GENERATED BY TRJCONV
TITLE     Protein in water t=   0.00000
REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX
CRYST1  116.453  116.453  116.453  90.00  90.00  90.00 P 1           1
MODEL        1
ATOM      1  N   ASP     1      85.582  59.777  48.367  1.000.0000           N
ATOM      2  H1  ASP     1      84.882  59.067  48.507  1.000.0000           H
ATOM      3  H2  ASP     1      85.162  60.617  48.747  1.000.0000           H
... ...
ATOM   6615  OT  ALA   442      28.032  36.877  69.157  1.000.0000           O
ATOM   6616  O   ALA   442      30.092  36.087  68.677  1.000.0000           O
ATOM   6617  HO  ALA   442      30.072  35.867  69.597  1.000.0000           H
TER
ENDMDL
REMARK    GENERATED BY TRJCONV
TITLE     Protein in water t= 1000.00000
REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX
CRYST1  116.384  116.384  116.384  90.00  90.00  90.00 P 1           1
MODEL        2
ATOM      1  N   ASP     1      75.052  41.097  56.132  1.000.0000           N
ATOM      2  H1  ASP     1      75.622  41.407  55.352  1.000.0000           H
ATOM      3  H2  ASP     1      75.602  41.357  56.932  1.000.0000           H
ATOM      4  H3  ASP     1      74.682  40.167  56.272  1.000.0000           H
ATOM      5  CA  ASP     1      74.032  42.157  56.202  1.000.0000           C
... ...
ATOM   6615  OT  ALA   442      45.292  49.247  90.922  1.000.0000           O
ATOM   6616  O   ALA   442      47.102  49.617  89.632  1.000.0000           O
ATOM   6617  HO  ALA   442      47.662  49.327  90.342  1.000.0000           H
TER
ENDMDL

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Ich vermute, dass die PDB fehlerhaft ist. Gibt es das irgendwo im Internet, damit ich es mir anschauen kann? Könnten Sie alternativ einen Auszug der HELIX- und/oder SHEET-Datensätze aus der Datei posten?
Mir ist aufgefallen, dass die ATOM-Datensätze keine Kettenkennung enthalten. Ich bin mir nicht sicher, ob dies PyMol daran hindern würde, die Sekundärstrukturelemente zu erkennen.
@canadianer Die Ketten-ID ist nicht das Problem, da sie für einen einzelnen Frame funktioniert
Okay ... Wird ein NMR-Modell mit mehreren Konformeren korrekt angezeigt (z. B. 5VKV)?
Es muss also diese spezielle PDB sein. Wenn mit dem Teil der Datei, den Sie gepostet haben, etwas nicht stimmt, weiß ich nicht, was es ist. Enthält die Datei mit mehreren Modellen HELIX/SHEET-Einträge?
Ah okay, das kann ich reproduzieren. Wenn Sie das ursprüngliche Modell mit dem Modell vergleichen, bei dem die HELIX-Datensätze entfernt wurden, stellen Sie möglicherweise fest, dass die Sekundärstrukturzuweisungen nicht identisch sind. Es scheint, dass PyMol versucht, die Sekundärstruktur selbst zuzuweisen, wenn kein HELIX-Eintrag vorhanden ist. Aus irgendeinem Grund tut es dies nicht, wenn mehrere Modelle vorhanden sind. Sie sollten in der Lage sein, den Befehl dss zu verwenden , um PyMol zu zwingen, die Sekundärstruktur in der PDB mit mehreren Modellen zu berechnen.
ja genau! kannst du sie bitte beantworten? (damit ich deine Antwort akzeptieren kann)
Sichere Sache; schön, dass es bei dir funktioniert hat.

Antworten (1)

HELIXEs scheint, dass PyMol versucht, die Sekundärstruktur selbst zuzuweisen, wenn kein Datensatz in der PDB vorhanden ist. Aus irgendeinem Grund tut es dies nicht, wenn mehrere MODELs vorhanden sind. Sie sollten in der Lage sein, den dssBefehl zu verwenden, um PyMol zu zwingen, die Sekundärstruktur in einer PDB mit mehreren MODELs zu berechnen.

Danke dafür, es war so einfach, das "repariert" zu bekommen! Funktioniert wie Charme.
@MarcinMagnus Gern geschehen!
Kann Pymol Cartoon (Sekundärstruktur) für eine PDB mit mehreren Frames anzeigen?
AntwortenHierDatenschutz-Bestimmungen1y, 0v